结论：商铺违约时，租金和押金都扣外加一个月违约金是否合理，需根据租赁合同的具体约定以及违约情形来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同有明确约定：
- 如果租赁合同中明确规定了，在承租人违约的情况下，出租人有权扣除全部租金、押金，并额外收取一个月违约金，那么这种做法在合同层面是合理的。因为合同是双方自愿达成的协议，对双方均具有法律约束力。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
合同无明确约定或约定不明确：
- 如果租赁合同中没有明确约定违约时租金、押金和违约金的处理方式，或者约定不明确，那么出租人单方面扣除全部租金、押金并额外收取一个月违约金，可能缺乏合同依据。
- 处理方式：在这种情况下，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
二、违约情形与责任承担
承租人轻微违约：
- 如果承租人的违约行为较为轻微，且未给出租人造成重大损失，那么出租人扣除全部租金、押金并额外收取一个月违约金，可能显得过于苛刻，不合理。
- 建议：在这种情况下，出租人可以考虑根据违约的实际情况，适当减少违约金的数额，或者与承租人协商其他解决方案。
承租人严重违约：
- 如果承租人的违约行为严重，如擅自转租、改变房屋用途、损坏房屋结构等，且给出租人造成了重大损失，那么出租人扣除全部租金、押金并额外收取一个月违约金，可能具有一定的合理性。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
三、违约金数额的合理性
违约金过高：
- 如果合同中约定的违约金数额过高，明显超过了出租人因承租人违约所遭受的实际损失，那么承租人有权请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
违约金过低：
- 如果合同中约定的违约金数额过低，不足以弥补出租人因承租人违约所遭受的实际损失，那么出租人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加。但这种情况在商铺租赁中较为少见，因为通常出租人会倾向于约定较高的违约金以保障自身权益。
建议：在签订商铺租赁合同时，双方应明确约定违约情形、责任承担方式以及违约金的数额等条款，以避免后续争议。如果发生违约情况，双方应首先尝试通过协商解决争议；如果协商不成，可以寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。