针对您提出的“县级人防工程的违法行为由哪个部门处罚”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，人防工程，即人民防空工程，是为保障战时人员和物资掩蔽、人民防空指挥、通信、医疗救护等而修建的地下防护建筑或结合地面建筑修建的战时可用于防空的地下室。这些工程的安全和使用效能受到法律的严格保护。

当出现任何损坏人民防空设施或危害人民防空工程的安全和使用效能的行为时，都将依法追究法律责任。具体到县级人防工程的违法行为，根据《中华人民共和国人民防空法》的相关规定，由县级以上人民政府人民防空主管部门对当事人进行处罚。

处罚措施通常包括：给予警告，并责令限期改正违法行为。对于个人，可以并处五千元以下的罚款；对于单位，可以并处一万元至五万元的罚款。如果违法行为造成了损失，当事人还应当依法赔偿损失。

这些违法行为包括但不限于：非法侵占人民防空工程、不按照国家规定的防护标准和质量标准修建人民防空工程、违反国家有关规定改变人民防空工程主体结构、拆除人民防空工程设备设施或采用其他方法危害人民防空工程的安全和使用效能、拆除人民防空工程后拒不补建、占用人民防空通信专用频率、使用与防空警报相同的音响信号、擅自拆除人民防空通信和警报设备设施、阻挠安装人民防空通信和警报设施拒不改正，以及向人民防空工程内排入废水、废气或倾倒废弃物等。

因此，如果您发现县级人防工程存在上述违法行为，可以向县级以上人民政府人民防空主管部门进行举报，由该部门依法进行处罚。希望这个解答能够对您有所帮助。