协助单位若不配合法院要求冻结工程款的，可能会面临罚款、对主要负责人或直接责任人员予以罚款、拘留，甚至构成拒不执行判决、裁定罪等严重后果。以下是对此问题的详细分析：

1. 罚款：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，有义务协助调查、执行的单位有下列行为之一的，人民法院除责令其履行协助义务外，并可以予以罚款：…（三）有关单位接到人民法院协助执行通知书后，拒不协助查询、扣押、冻结、划拨、变价财产的。罚款的金额根据情节轻重，可能从数万元到数十万元不等。

2. 对主要负责人或直接责任人员予以罚款、拘留：

   • 同样依据《中华人民共和国民事诉讼法》，对于拒不履行协助义务的单位，人民法院除可以对其罚款外，还可以对其主要负责人或者直接责任人员予以罚款；对仍不履行协助义务的，可以予以拘留。拘留的期限通常不超过十五日。

3. 构成拒不执行判决、裁定罪：

   • 在极端情况下，如果协助单位的行为构成拒不执行判决、裁定罪，那么相关责任人员还可能面临刑事处罚。根据《中华人民共和国刑法》第三百一十三条，对人民法院的判决、裁定有能力执行而拒不执行，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。虽然这一条款主要针对的是被执行人，但协助单位若故意阻碍执行，情节严重，也可能被视为共同犯罪或单独构成犯罪。

实际建议：

• 对于协助单位而言，应当严格遵守法院的协助执行通知书，及时、准确地提供相关信息或采取相应措施，以避免不必要的法律风险和后果。
• 如果协助单位对法院的协助执行通知书有异议或认为存在执行困难，应当及时与法院沟通，寻求合法、合理的解决方案，而不是简单地拒绝配合。

举例说明：

• 假设某银行作为协助单位，收到法院要求冻结某公司工程款的协助执行通知书后，却以各种理由拒绝冻结。在此情况下，法院有权对银行进行罚款，并可能对其主要负责人或直接责任人员予以罚款或拘留。如果银行的行为情节严重，还可能构成拒不执行判决、裁定罪，相关责任人员将面临刑事处罚。

综上所述，协助单位不配合法院要求冻结工程款的行为将面临严重的法律后果。因此，建议协助单位务必严格遵守法院的协助执行通知书，以维护法律的尊严和权威。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。