结论：逾期后协商还款了但系统还是一次划扣了，钱是否可以退，需根据具体情况判断，若划扣行为违反协商约定或相关法律规定，您有权要求退款；若划扣行为合法合规，则退款可能性较低。以下从不同角度为您详细分析：

一、划扣行为是否违反协商约定

1. 协商内容明确性：

   • 若您与贷款机构在协商还款时，明确约定了还款方式、还款金额及还款时间，且贷款机构在系统中设置了相应的还款计划，但系统却未按约定执行，一次性划扣了全部款项，这明显违反了双方的协商约定。
   • 在此情况下，您有权要求贷款机构按照协商约定执行，并退还多划扣的款项。您可以通过与贷款机构沟通、提供协商记录等证据来维护自己的权益。

2. 协商记录保存：

   • 建议您在协商还款时，务必保留好相关的协商记录，如书面协议、聊天记录、录音等。这些证据在后续维权过程中将起到至关重要的作用。

二、划扣行为是否违反相关法律规定

1. 划扣权限与程序：

   • 贷款机构在划扣借款人账户资金时，必须依法取得相应的划扣权限，并按照法定程序进行。若贷款机构未经借款人同意，擅自划扣其账户资金，可能构成违法行为。
   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关金融法规，贷款机构在划扣借款人资金前，应履行通知义务，告知借款人划扣的原因、金额及时间等信息。若贷款机构未履行通知义务，或划扣行为存在其他违法情形，您有权要求贷款机构退还划扣的款项。

2. 借款人权益保护：

   • 作为借款人，您享有合法的财产权益。若贷款机构的划扣行为侵犯了您的财产权益，您有权依法维权。您可以通过向贷款机构提出异议、向监管部门投诉、提起诉讼等方式来维护自己的权益。

三、实际操作建议

1. 与贷款机构沟通：

   • 首先，建议您与贷款机构进行沟通，了解划扣的具体原因及依据。若划扣行为确实存在错误或违反协商约定，您可以要求贷款机构立即退还多划扣的款项，并调整后续的还款计划。

2. 保留证据并维权：

   • 若与贷款机构沟通无果，或您认为贷款机构的划扣行为存在违法行为，建议您保留好相关证据，如协商记录、划扣记录、银行流水等，并向监管部门投诉或提起诉讼。在维权过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以提高维权效率。

举例说明：假设您与贷款机构协商还款时，约定每月还款1000元，分12期还清。但贷款机构在未经您同意的情况下，一次性从您的账户中划扣了12000元。在此情况下，您有权要求贷款机构退还多划扣的10800元，并按照协商约定执行后续的还款计划。

后续行动建议：若您遇到类似情况，请务必保持冷静，及时与贷款机构沟通并保留好相关证据。若问题无法得到妥善解决，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。您可以直接向我咨询经济纠纷、刑事辩护领域的相关问题。