擅自进入自然保护区未被当场发现，仍可能面临行政处罚，处罚依据和方式主要取决于具体违法情节及造成的后果。以下从不同角度进行分析：

1. 处罚依据
   根据《中华人民共和国自然保护区条例》第三十四条，违反本条例规定，有下列行为之一的单位和个人，由自然保护区管理机构责令其改正，并可以根据不同情节处以100元以上5000元以下的罚款：
   （一）擅自移动或者破坏自然保护区界标的；
   （二）未经批准进入自然保护区或者在自然保护区内不服从管理机构管理的；
   （三）经批准在自然保护区的缓冲区内从事科学研究、教学实习和标本采集的单位和个人，不向自然保护区管理机构提交活动成果副本的。
   擅自进入自然保护区属于上述第二项违法行为，即使未被当场发现，只要存在进入行为且未经批准或不服从管理，即构成违法。

2. 处罚时效与证据认定
   行政处罚的追究时效为2年（《行政处罚法》第三十六条），即违法行为发生后2年内未被发现的，不再给予行政处罚。但需注意：

• 证据固定：自然保护区管理机构可能通过监控录像、巡逻记录、证人证言、痕迹证据（如脚印、垃圾）等间接证据证明违法行为；
  
• 主动承认：若违法者事后主动向管理部门承认违法行为，可能被认定为“自首”情节，但不影响违法事实的成立，仅可能影响处罚幅度。

1. 处罚幅度的影响因素
   处罚金额并非固定，而是根据以下情节综合判定：
   

• 进入区域：核心区违法情节重于缓冲区或实验区；
  
• 停留时间：长期滞留或多次进入可能加重处罚；
  
• 行为后果：若导致生态环境破坏（如破坏植被、惊扰野生动物），可能面临更高罚款，甚至承担民事赔偿责任（《民法典》第一千二百三十四条）；
  
• 主观恶性：故意闯入（如翻越围栏）与误入（如导航错误）的处罚力度可能不同。

1. 程序与救济途径
   

• 处罚程序：管理机构需依法作出《行政处罚决定书》，告知违法事实、处罚依据及救济权利；
  
• 救济途径：若对处罚不服，可在60日内申请行政复议（《行政复议法》第九条），或6个月内直接提起行政诉讼（《行政诉讼法》第四十六条）。

建议：若您或他人涉及此类情况，应主动配合管理部门调查，如实说明情况。如对处罚有异议，可通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。