核心结论：当中标候选人之后拟任项目经理发函提出异议，需根据异议内容及招标文件规定，分情况采取不同处理措施，具体如下：

1. 核查异议内容合法性与合理性
   • 若异议内容涉及招标程序违法：例如招标文件存在歧视性条款、评标过程不公正等违反《招标投标法》及相关法规的情形。招标人应立即暂停后续流程，组织内部审查或委托第三方机构进行调查。若经核实异议成立，需依法纠正违法行为，重新组织评标或招标活动。例如，在某政府采购项目中，拟任项目经理发现评标委员会未按照招标文件规定的评分标准进行打分，发函提出异议。招标人经调查确认该情况属实后，重新组织了评标。
   • 若异议内容针对自身权益受损：如拟任项目经理认为自身符合招标文件要求，但被不合理排除在中标候选人之外。招标人应仔细审查其资格条件、业绩等是否满足招标文件规定。若异议成立，应将其纳入中标候选人范围或重新确定中标候选人。比如，某工程项目招标中，拟任项目经理具备相应资质和业绩，但因招标人工作人员疏忽未将其列入中标候选人，其发函提出异议后，招标人核实情况后进行了纠正。
2. 依据招标文件规定处理
   • 招标文件明确规定异议处理流程：招标人应严格按照文件规定的程序和时间节点进行处理。例如，规定收到异议后应在 3 个工作日内答复，招标人需按时给予明确答复，说明处理结果及依据。若未按规定处理，可能面临行政监督部门的处罚。
   • 招标文件未明确规定：可参照《招标投标法实施条例》等相关法规处理。一般应在收到异议后 3 日内作出答复，答复前应当暂停招标投标活动。例如，在某企业自主招标项目中，招标文件未对异议处理流程作出规定，拟任项目经理发函提出异议后，招标人依据法规在 3 日内进行了答复并暂停了后续活动。
3. 沟通协商与法律途径
   • 积极沟通协商：招标人在处理异议过程中，应与拟任项目经理保持积极沟通，了解其诉求，解释处理依据和结果，争取达成共识。例如，通过面对面沟通、电话沟通等方式，消除误解，避免矛盾激化。
   • 引导通过法律途径解决：若双方无法通过协商达成一致，且异议事项涉及重大利益或法律争议，可引导拟任项目经理通过行政复议或行政诉讼等法律途径解决。例如，拟任项目经理对招标人的处理结果不满意，认为侵犯了其合法权益，可依法向行政监督部门申请行政复议或向法院提起行政诉讼。

在处理此类问题时，招标人应确保处理过程合法、公正、透明，维护招标投标活动的正常秩序和各方当事人的合法权益。若你在实际操作中遇到具体问题，可直接向我咨询。