农村自建房合同在以下情形下可能被认定为无效：
一方以欺诈、胁迫手段订立合同，损害国家利益
- 欺诈：若一方故意告知虚假情况或隐瞒真实情况，诱使对方作出错误的意思表示，从而签订农村自建房合同，且该行为损害了国家利益，那么该合同将被视为无效。例如，转包方隐瞒土地存在纠纷或污染等真实情况，导致受让方在不知情的情况下签订合同，若此行为影响了国家对农村土地的合理规划或利用，则合同无效。
- 胁迫：若一方通过威胁生命健康、荣誉、名誉、财产等手段，迫使对方违背真实意愿签订农村自建房合同，且该行为损害了国家利益，合同同样无效。比如，恶霸威胁村民低价转让宅基地使用权，用于自建房，且此行为损害了国家对农村土地的管理秩序，则该合同无效。
恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益
- 若合同当事人为牟取不法利益而合谋实施违法行为，如村干部与外村人恶意串通，低价承包或转让村集体宅基地用于自建房，损害了村集体的利益；或者土地承包方与第三人恶意串通，转让已设定抵押的宅基地使用权，损害了债权人的利益，这些合同均将被视为无效。
以合法形式掩盖非法目的
- 若当事人通过签订农村自建房合同这一合法行为，掩盖其真实的非法目的，或者行为形式上合法但内容非法，如签订合同表面上进行自建房，实际上进行非法房地产开发或销售，此类合同将被认定为无效。
损害社会公共利益
- 若农村自建房合同的履行会对社会公共秩序、公共道德、公共安全等造成损害，如租赁宅基地用于建设高污染、高危险的化工项目，严重影响村民的生活环境和身体健康，该租赁合同将被视为无效。
违反法律、行政法规的强制性规定
- 主体资格不符：若发包方或承包方不具备相应的资格，如村民小组未经法定程序擅自发包宅基地，或者承包方不具备农村自建房的资质和条件，合同可能无效。
- 土地用途违规：农村宅基地有明确的用途管制，必须按规定使用。若合同约定将宅基地用于非居住目的，如商业开发、工业生产等，违反了《土地管理法》等相关法律法规的规定，合同将被视为无效。
法律后果：
当农村自建房合同被认定为无效时，双方需相互返还因该合同所得的财产；若不能返还，则需折价补偿。同时，受损害的当事人有权要求过错方承担损失赔偿责任。
建议：
在签订农村自建房合同时，务必确保合同内容合法合规，双方主体资格适格，且合同目的和用途符合法律法规的规定。如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以确保合同的有效性和合法性。