员工手册缺少制定程序但长期使用，其效力问题需分情况讨论：
从合法性角度分析：
- 若员工手册内容合法且不违反强制性规定：尽管制定程序存在瑕疵，但长期使用且员工未提出异议的情况下，该员工手册在内部管理上仍可能被视为有效。这是因为，法律并未明确规定员工手册必须经过何种特定程序制定才有效，只要其内容不违反法律、法规的强制性规定，且在实际操作中被员工接受和遵守，就可以视为具有内部效力。然而，这种效力是相对的，一旦有员工提出异议或引发劳动争议，制定程序的瑕疵可能成为影响其效力的一个因素。
- 若员工手册内容存在违法或不合理之处：则无论其制定程序如何，该部分内容都将被视为无效。例如，如果员工手册中规定了低于法定最低工资标准的工资支付条款，或者违反了关于加班、休假等劳动保护的规定，那么这些条款将因违法而无效。
从程序瑕疵对效力的影响角度分析：
- 制定程序瑕疵可能导致效力受限：员工手册的制定应当遵循一定的民主程序，如征求员工意见、与工会或职工代表协商等。如果缺少这些程序，虽然不一定直接导致员工手册整体无效，但在劳动争议中，这种程序瑕疵可能成为员工主张员工手册无效或部分无效的理由。法院或仲裁机构在审理时，可能会考虑程序瑕疵对员工手册效力的影响，尤其是当程序瑕疵可能影响到员工权益时。
- 长期使用可能弥补部分程序瑕疵：如果员工手册虽然制定程序存在瑕疵，但长期被员工接受和遵守，且在实际操作中未引发争议，那么这种长期使用的事实可能在一定程度上弥补程序上的瑕疵。然而，这种弥补作用是有限的，一旦有员工提出异议或引发劳动争议，程序瑕疵仍可能成为影响员工手册效力的一个重要因素。
从实际操作建议角度分析：
- 完善制定程序：为了避免因程序瑕疵而影响员工手册的效力，建议企业在制定或修订员工手册时，严格遵守相关法律法规规定的民主程序，如征求员工意见、与工会或职工代表协商等。这样不仅可以确保员工手册的合法性，还可以增强其内部认可度和执行力。
- 定期审查更新：随着法律法规的更新和企业实际情况的变化，员工手册也需要定期审查和更新。在审查更新过程中，同样需要遵循民主程序，确保员工手册的时效性和适用性。
- 妥善保存制定和修订记录：为了证明员工手册的制定和修订过程符合民主程序要求，企业应当妥善保存相关记录，如征求意见记录、协商会议记录等。这些记录在劳动争议中可能成为证明员工手册效力的重要证据。
总结来说，员工手册缺少制定程序但长期使用，其效力问题需根据具体情况判断。如果内容合法且不违反强制性规定，且长期被员工接受和遵守，则可能具有内部效力；但如果内容存在违法或不合理之处，或程序瑕疵严重影响到员工权益，则可能被视为无效或部分无效。因此，建议企业在制定和修订员工手册时严格遵守民主程序，并定期审查更新以确保其合法性和适用性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。