被告户籍被注销且下落不明，法院仍然可以进行实体判决。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律程序上的可行性

1. 公告送达：在民事诉讼中，如果被告下落不明，法院可以通过公告送达的方式，将起诉状副本、开庭传票等法律文书送达给被告。公告期满后，即视为送达，法院可以依法进行缺席审理并作出判决。

2. 户籍注销不影响诉讼：被告户籍被注销，并不意味着其诉讼主体资格的丧失。只要被告仍然存在（即未死亡），且案件与其有利害关系，法院就有权对其进行审理并作出判决。户籍注销可能由多种原因造成，如迁移、死亡（但此处已明确被告下落不明，故排除死亡情况）、注销错误等，但这些原因并不影响法院对案件的实体审理。

二、实体判决的考虑因素

1. 证据充分性：在被告下落不明的情况下，法院作出实体判决需要确保证据的充分性和确凿性。原告需要提供足够的证据来支持其诉讼请求，以便法院在缺席审理的情况下能够作出公正的判决。

2. 案件性质：案件的性质也会影响法院是否作出实体判决。例如，在涉及身份关系的案件（如离婚、抚养权等）中，由于需要保护当事人的合法权益，法院可能会更加谨慎地处理，并在确保程序公正的前提下作出判决。而在一些财产纠纷案件中，如果证据充分且明确，法院则可能更容易作出实体判决。

三、可能的法律后果

1. 判决效力：一旦法院作出实体判决，该判决即具有法律效力。如果被告在判决生效后仍未出现或履行判决义务，原告可以申请法院强制执行。

2. 被告权益保护：虽然被告下落不明，但法院在作出判决时仍然需要保护其合法权益。例如，在判决中明确被告的权利和义务，以及在执行过程中确保被告的财产不被非法侵占等。

四、实际操作建议

1. 积极收集证据：原告应积极收集与案件相关的证据，以便在法院审理时能够充分支持其诉讼请求。

2. 关注公告送达情况：原告应关注法院的公告送达情况，确保被告能够收到法律文书并了解案件进展。

3. 咨询专业律师：在处理此类案件时，建议原告咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律帮助。

总结来说，被告户籍被注销且下落不明并不妨碍法院进行实体判决。只要原告能够提供充分的证据支持其诉讼请求，且案件性质允许法院在缺席审理的情况下作出判决，法院就可以依法进行实体审理并作出判决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。