案发两年后进行因果关系鉴定，能否确定当时案发的伤，需视具体情况而定，但总体来说，时间因素会显著增加鉴定的难度和不确定性。以下从多个角度进行分析：

1. 鉴定技术的局限性：

   • 因果关系鉴定，尤其是涉及人体损伤的鉴定，往往依赖于医学、生物学等科学技术的支持。随着时间的推移，人体组织会经历自然修复、变化等过程，这可能导致原始损伤痕迹的模糊或消失。
   • 某些损伤，如骨折、内脏损伤等，在初期可能留下明显的医学影像或病理特征，但随着时间的推移，这些特征可能逐渐减弱或消失，使得鉴定变得困难。

2. 证据保存的完整性：

   • 案发后，及时收集和保存相关证据是鉴定成功的关键。如果案发后没有及时进行医学检查、拍照、录像等，或者证据保存不当（如医疗记录丢失、影像资料损坏等），那么两年后进行鉴定时，可能缺乏足够的证据支持。
   • 即便有部分证据保存下来，也可能因为时间久远而难以与当前的情况进行准确对比和分析。

3. 个体差异与损伤恢复情况：

   • 不同个体的身体状况、恢复能力存在差异。有些人可能恢复得较快，损伤痕迹消失得也快；而有些人则可能恢复较慢，损伤痕迹保留时间较长。
   • 此外，损伤的类型、程度以及治疗过程等因素也会影响损伤痕迹的保留时间。例如，经过手术治疗的损伤，其疤痕、组织变化等可能与未经治疗的损伤有所不同。

4. 法律程序与鉴定时机：

   • 在法律程序中，鉴定时机的选择往往受到多种因素的影响，包括案件进展、证据收集情况、当事人申请等。如果案发后两年才提出进行因果关系鉴定，可能需要考虑是否超过了法律规定的时效期限（如果有的话）。
   • 即便在法律时效期限内，鉴定机构也可能因为时间久远、证据不足等原因而拒绝受理或给出不确定的鉴定意见。

建议：

• 如果您面临类似情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体案件的法律程序和鉴定要求。
• 同时，尽可能收集和保存与案件相关的所有证据，包括医疗记录、影像资料、证人证言等，以便在需要时进行鉴定。
• 如果确实需要进行因果关系鉴定，应尽早向有资质的鉴定机构提出申请，并配合鉴定机构的工作，提供必要的协助和支持。

总结来说，案发两年后进行因果关系鉴定能否确定当时案发的伤，取决于多种因素的综合作用。虽然时间因素会增加鉴定的难度和不确定性，但并不意味着完全无法进行鉴定。因此，在具体案件中，需要根据实际情况进行综合评估和判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。