亲子鉴定在两个不同的鉴定所进行，结果通常应当是一致的，但也存在一些特殊情况可能导致结果不一致。以下从多个角度为你详细分析：

鉴定所资质与标准

1. 正规鉴定所：如果两个鉴定所都是具备合法资质、遵循严格鉴定标准和程序的正规机构，那么它们对同一份样本的鉴定结果应当是一致的。这是因为亲子鉴定是基于遗传学原理，通过比对DNA序列来确定亲子关系的，而DNA序列是客观存在的，不会因鉴定所的不同而改变。
2. 非正规鉴定所：如果其中一个或两个鉴定所不具备合法资质，或者鉴定过程中存在操作不规范、设备落后等问题，那么鉴定结果就可能出现偏差。这种情况下，两个鉴定所的结果不一致也就不足为奇了。

样本质量与处理

1. 样本质量：亲子鉴定的准确性很大程度上取决于样本的质量。如果样本在采集、保存或运输过程中受到污染、降解或损坏，那么鉴定结果就可能受到影响。如果两个鉴定所接收到的样本质量不同，或者对样本的处理方式不同，那么结果也可能出现不一致。
2. 样本处理：不同的鉴定所可能采用不同的样本处理方法和技术，这虽然通常不会影响最终结果的准确性，但在某些极端情况下，如果处理方法存在显著差异，也可能导致结果的不一致。不过，这种情况在正规鉴定所中极为罕见。

鉴定技术与方法

1. 技术更新：随着科技的进步，亲子鉴定技术也在不断更新和发展。如果两个鉴定所采用的技术和方法不同，或者其中一个鉴定所使用了更先进、更准确的技术，那么结果也可能存在差异。但通常来说，正规鉴定所都会采用当前最先进、最准确的技术和方法进行鉴定。
2. 技术操作：即使两个鉴定所采用相同的技术和方法，如果技术操作人员的技术水平或经验存在差异，也可能导致结果的不一致。不过，在正规鉴定所中，技术操作人员通常都经过严格培训和考核，具备较高的专业素养和技能水平。

法律建议与后果

1. 选择正规鉴定所：为了确保亲子鉴定的准确性和可靠性，建议你选择具备合法资质、信誉良好的正规鉴定所进行鉴定。这样可以最大程度地避免结果不一致的情况发生。
2. 结果不一致的处理：如果两个鉴定所的结果确实不一致，你可以考虑进行第三次鉴定以确认结果。同时，你也可以咨询专业律师（比如我），了解如何根据鉴定结果维护自己的合法权益。
3. 法律后果：亲子鉴定结果在法律上具有重要证据效力。如果鉴定结果被用于解决亲子关系纠纷、继承权争议等法律问题，那么结果的不一致可能会引发一系列法律后果。因此，在进行亲子鉴定时，务必确保鉴定过程的合法性和结果的准确性。

总结来说，亲子鉴定在两个不同的正规鉴定所进行，结果通常应当是一致的。但如果存在鉴定所资质问题、样本质量问题、技术与方法差异等因素，也可能导致结果不一致。如果你对亲子鉴定结果有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。