针对您提出的“车主长期指使司机超载怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及交通法规和责任划分的重要议题。以下是我为您详细梳理的处罚规定及影响：
一、驾驶员超载的处罚基础
首先，无论车主是否指使，驾驶员超载本身就会面临一系列处罚，这些处罚依据超载的程度和车辆类型有所不同。
客车超载：
- 超载未达20%：处二百元以上五百元以下罚款。
- 超载达到或超过20%，但未达100%：处五百元以上二千元以下罚款；若驾驶营运客车（不包括公共汽车）载人超过核定人数20%以上，一次记12分。
- 超载达到或超过100%：除罚款外，一次记12分。
货车超载：
- 超载未达30%：处二百元以上五百元以下罚款。
- 超载达到或超过30%，但未达100%：处五百元以上二千元以下罚款。
- 超载达到或超过100%：除罚款外，一次记12分。
危险化学品运输车辆超载：
- 驾驶危险化学品运输车辆超载，特别是超过核定载质量100%以上的，一次记12分，并处五百元以上二千元以下罚款。
二、车主指使司机超载的额外责任
当车主长期指使司机超载时，车主本身也构成了违法行为，并需要承担相应的法律责任。
行政处罚：
- 车主可能因指使、强令车辆驾驶人超限运输货物而受到交通运输主管部门的处罚，包括罚款等。
民事责任：
- 如果超载行为导致交通事故或损害他人财产、人身安全，车主作为雇主或指使者，可能需要承担民事赔偿责任。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果超载行为导致重大交通事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失，车主和驾驶员都可能构成交通肇事罪，依法追究刑事责任。
三、特殊情况与处理
- 扣留机动车：对于存在超载行为的车辆，公安机关交通管理部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。
- 对运输单位的处罚：若运输单位（包括车主作为个体运输者）的车辆多次超载且经处罚不改，对直接负责的主管人员（包括车主）将处以二千元以上五千元以下罚款。
四、超载对保险理赔的影响
超载车辆在发生交通事故时，保险公司会评估超载对事故发生的影响。通常，保险公司不会对超载的人员进行理赔，且可能因超载而减少或拒绝赔偿其他损失。
总结与建议
车主长期指使司机超载是严重的违法行为，不仅危及公共安全，还可能导致法律责任的连锁反应。作为车主，应严格遵守交通法规，确保车辆不超载运行。同时，驾驶员也应拒绝超载指令，保护自己和他人的安全。如果发现超载行为，应及时向相关部门举报，共同维护道路交通安全。