公司车辆长期超载，将会面临多方面的处罚，主要包括行政处罚和可能的刑事责任。以下是对这些处罚的详细分析：
行政处罚
罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，货运机动车超过核定载质量的，将被处以罚款。具体罚款数额根据超载的严重程度而定，一般而言，超载比例越高，罚款数额越大。例如，超过核定载质量30%或者违反规定载客的，可能面临更高的罚款。
扣分：
- 驾驶公司车辆超载的驾驶员，其驾驶证将被扣分。扣分制度旨在通过累积扣分的方式，对驾驶员的违法行为进行警示和惩罚。超载行为通常会导致驾驶证被扣一定分数，具体扣分数量根据超载的严重程度和当地交通管理部门的规定而定。
暂扣或吊销驾驶证：
- 在严重超载的情况下，交通管理部门有权暂扣或吊销驾驶员的驾驶证。这一措施旨在严厉打击严重违法行为，保障道路交通安全。如果驾驶员的驾驶证被吊销，将需要重新参加驾驶考试并获得新的驾驶证才能再次上路。
扣留车辆：
- 交通管理部门有权扣留超载的车辆，直至违法行为得到纠正。这意味着，如果公司车辆长期超载，可能会面临车辆被扣留的风险，从而影响公司的正常运营。
可能的刑事责任
- 交通肇事罪：
- 如果公司车辆长期超载导致发生交通事故，且事故后果严重（如造成人员伤亡或重大财产损失），驾驶员可能构成交通肇事罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，交通肇事罪将面临有期徒刑、拘役或罚金等刑事处罚。
其他后果
公司声誉受损：
- 公司车辆长期超载不仅违反了法律法规，也损害了公司的声誉。这可能导致客户对公司的信任度降低，进而影响公司的业务发展和市场竞争力。
保险理赔问题：
- 如果公司车辆因超载发生交通事故，保险公司可能拒绝理赔或降低理赔金额。这是因为超载行为增加了事故的风险，保险公司通常会在保险合同中明确排除因超载等违法行为导致的损失。
建议：
- 加强内部管理：公司应建立健全的车辆管理制度，明确车辆使用规范和超载处罚措施，确保驾驶员遵守交通法规。
- 提高驾驶员安全意识：公司应定期组织驾驶员进行安全培训和教育，提高他们的安全意识和法律意识，减少超载等违法行为的发生。
- 定期检查车辆：公司应定期对车辆进行检查和维护，确保车辆处于良好的技术状态，避免因车辆故障导致的超载等安全问题。
如果您或您的公司面临类似问题，或者有任何关于交通运输领域的法律疑问，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。