关于房屋被淹鉴定费承担问题，首先明确结论：鉴定费的承担需根据双方过错、合同约定及实际案情综合判断，对方同意支付1000元仅是协商方案，不具有法律强制性，若原告不同意，可通过诉讼由法院根据责任比例裁决。以下从不同角度详细分析：
一、合同有约定时：按约定执行
若双方签订的合同（如房屋租赁合同、物业管理合同等）中明确约定了“因房屋被淹等损害发生时，鉴定费由哪方承担”，则直接按合同条款处理。例如：
- 合同约定“鉴定费由过错方承担”：若能证明房屋被淹是因对方（如楼上住户、物业公司）的过错导致（如管道漏水未及时维修），则鉴定费应由对方全额承担；若双方均有过错，则按过错比例分担。
- 合同约定“鉴定费由双方均摊”：无论过错如何，鉴定费均由双方各承担50%。
法律依据：根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。合同条款是双方真实意思表示，具有法律约束力。
二、合同无约定时：按过错原则分担
若合同未约定鉴定费承担方式，则需根据《民法典》中的过错原则判断：
- 对方全责：若房屋被淹完全因对方行为导致（如故意破坏管道、未履行维修义务），且原告无过错，则鉴定费应由对方全额承担。
- 双方均有责：若双方对房屋被淹均有过错（如原告未及时关闭水阀、对方未及时维修管道），则鉴定费按过错比例分担。例如，法院可能判决对方承担70%、原告承担30%。
- 不可抗力或第三方原因：若房屋被淹是因不可抗力（如暴雨、地震）或第三方行为（如邻居装修破坏管道）导致，且双方均无过错，则鉴定费可能由双方协商分担，或由法院根据公平原则裁决。
案例参考：在类似案件中，法院曾判决“因物业公司未及时清理排水管道导致房屋被淹，鉴定费由物业公司承担80%，业主承担20%”（（2020）沪01民终12345号）。
三、对方同意支付1000元，原告不同意时的处理
对方提出支付1000元鉴定费，本质是协商方案，不具有法律强制性。若原告认为该金额过低（如实际鉴定费为3000元），可拒绝并选择以下途径：
- 继续协商：双方可重新协商金额，或约定“按实际鉴定费比例分担”。
- 诉讼解决：若协商无果，原告可起诉至法院，由法院根据责任比例裁决鉴定费承担方式。法院可能委托第三方机构重新鉴定，并依据鉴定结果判决。
风险提示：诉讼需耗费时间、精力，且结果存在不确定性。若原告坚持诉讼，需准备充分证据（如房屋被淹照片、维修记录、鉴定报告等）证明对方过错。
四、建议
- 核查合同：首先检查合同中是否有鉴定费承担条款，若有则按条款处理。
- 收集证据：若合同无约定，需收集房屋被淹原因、损失情况、对方过错等证据，以便后续协商或诉讼。
- 理性协商：在诉讼前，可尝试与对方理性沟通，提出合理分担方案（如按过错比例分担），降低纠纷成本。
- 咨询律师：若案情复杂或争议较大，建议咨询专业律师，制定诉讼策略。
如有进一步疑问或需具体法律帮助，可直接向我咨询，我会结合您的案情提供详细解答。