针对您提出的“公司与自然人签订光伏协议但未备案怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，根据相关规定，分布式光伏发电项目应当按照“谁投资、谁备案”的原则确定备案主体。在您所描述的情况中，如果公司是与自然人合作进行分布式光伏发电项目，且自然人作为投资主体之一，那么该自然人或其委托的电网企业（如果选择集中代理备案）有责任进行项目备案。
备案流程与要求：
备案主体确认：
- 自然人户用分布式光伏发电项目可由自然人自行备案，或委托电网企业集中代理备案。
备案信息准备：
- 备案信息应包括项目名称、投资主体、建设地点、项目类型、建设规模及内容、上网模式、建设工期、项目总投资额、不动产所有权证明及相应的附件材料。
- 对于自然人户用项目，还需提供身份证正反复印件、不动产所有权证明，以及涉及采光、通风等相邻权利人时的相邻权利人同意书。
备案流程：
- 投资主体（或委托的电网企业）需在线提交申报资料至当地发展改革委。
- 发展改革委在收到资料后，会在规定的工作日内进行审核（通常为1个工作日）。
- 若资料合格齐全，则予以通过，投资主体可自行下载备案证；若资料不完整或不合格，则会被退回补充完善后重新提交。
针对未备案的解决方案：
立即补办备案：
- 既然发现项目未备案，公司应立即与自然人合作方沟通，共同准备备案所需的所有资料。
- 按照上述备案流程，尽快向当地发展改革委提交备案申请。
了解并遵守相关规定：
- 在补办备案的同时，公司应详细了解并遵守《分布式光伏发电开发建设管理办法》以及当地的具体实施细则（如《重庆市分布式光伏发电开发建设管理实施细则》）。
- 确保项目选址、建设、电网接入、运行等全过程都符合相关规定。
考虑后续影响：
- 如果项目已经开工建设或甚至已经并网发电，但未取得备案证明，那么可能会面临无法并网、被解除并网、行政处罚等风险。
- 因此，公司应尽快补办备案，以降低这些风险。
与电网企业沟通：
- 如果自然人选择委托电网企业集中代理备案，公司应与电网企业保持密切沟通，确保备案流程顺利进行。
特别注意事项：
- 分布式光伏发电项目备案主体应对备案信息的真实性、合法性和完整性负责。提供虚假资料可能会导致不予办理相关手续、行政处罚、列入项目异常信用记录等后果。
- 公司在取得项目备案证明和电网企业并网意见后方可开工建设。未取得这些文件前违规开工的，将不得并网，并可能面临相关处罚。
综上所述，针对公司与自然人签订光伏协议但未备案的情况，公司应立即与自然人合作方沟通，共同准备备案资料，并按照当地发展改革委的要求尽快补办备案。同时，公司应详细了解并遵守相关规定，确保项目合法合规进行。