在交通事故中，物流公司承担事故赔偿责任后起诉运输公司支付垫付款的管辖确定问题，核心在于明确此类纠纷的管辖法院。此类案件一般由被告住所地或者合同履行地法院管辖，具体分析如下：

一、被告住所地法院管辖

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十二条：“对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。”在物流公司起诉运输公司的案件中，若运输公司为被告，则其住所地法院具有管辖权。这里的住所地通常指运输公司的主要办事机构所在地，若主要办事机构所在地不能确定，则以其注册地或者登记地为住所地。

二、合同履行地法院管辖

若物流公司与运输公司之间存在运输合同关系，且该合同中明确约定了合同履行地，或者虽然未明确约定但根据合同内容能够确定合同履行地的，那么合同履行地法院也具有管辖权。根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第十八条：“合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。”在物流公司起诉运输公司支付垫付款的案件中，若争议标的为给付货币，且双方未约定合同履行地，则接收货币一方（即物流公司）所在地为合同履行地，该地法院具有管辖权。

三、特殊情况下的管辖确定

1. 协议管辖：若物流公司与运输公司在合同中明确约定了发生纠纷时的管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，则按照约定确定管辖法院。
2. 专属管辖：若该案件涉及专属管辖的情形，如因不动产纠纷提起的诉讼等，则应按照专属管辖的规定确定管辖法院。但在本题所描述的交通事故垫付款纠纷中，一般不涉及专属管辖的情形。

在实际操作中，物流公司应根据具体情况选择合适的管辖法院进行起诉。若对管辖法院的确定存在疑问，建议直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供更详细的法律建议。