结论概述：在只有购房合同一方成为被执行人的情况下，若该方在办理房产证时签署放弃协议，这一行为是否会被法院知道，取决于多个因素，包括但不限于放弃协议的提交对象、法院的执行措施以及相关方的信息披露情况。以下是对此问题的详细分析。
一、放弃协议的提交对象与法院知晓的可能性
若放弃协议提交给法院或相关执行机构：
- 在这种情况下，法院或执行机构将直接获取到放弃协议的信息，从而知晓购房合同一方已放弃相关权益。
- 法院在执行过程中，有权要求被执行人提供与财产相关的所有文件和信息，包括放弃协议。
若放弃协议未提交给法院或相关执行机构，但涉及房产登记变更：
- 如果放弃协议导致房产登记发生变更（如产权人变更），这种变更通常需要在房产登记机构进行登记。
- 法院在执行过程中，可能会查询房产登记信息以了解被执行人的财产状况。因此，如果房产登记信息已更新，法院有可能通过查询得知放弃协议的存在。
二、法院执行措施与信息获取
- 法院在执行过程中，会采取多种措施来查找被执行人的财产，包括但不限于查询银行账户、房产登记、车辆登记等。
- 如果法院认为有必要，可能会要求被执行人提供所有与财产相关的文件和信息，以全面了解其财产状况。
- 在这种情况下，如果购房合同一方签署了放弃协议，且该协议与被执行人的财产状况相关，那么法院有可能通过执行措施获取到这一信息。
三、相关方的信息披露情况
- 如果其他相关方（如其他购房合同方、房产开发商等）知晓放弃协议的存在，并主动向法院披露这一信息，那么法院也将得知。
- 在某些情况下，相关方可能出于自身利益考虑，选择向法院披露放弃协议的信息，以协助法院执行或保护自己的权益。
四、法律建议与风险提示
对于购房合同一方成为被执行人的情况：
- 如果考虑签署放弃协议，应谨慎评估其法律后果和可能对执行程序的影响。
- 放弃协议可能涉及财产权益的转移或放弃，因此应确保协议内容合法、有效，并符合相关法律法规的规定。
对于法院执行程序的影响：
- 签署放弃协议并不意味着可以逃避法院的执行。法院有权根据执行情况采取相应措施，包括但不限于查封、扣押、拍卖等。
- 如果放弃协议导致被执行人财产减少或无法执行，法院可能对被执行人采取更严厉的执行措施，如限制高消费、列入失信被执行人名单等。
信息披露与透明度：
- 在执行过程中，应保持与法院和相关方的沟通畅通，及时提供所需信息，以避免因信息不透明而引发的法律风险。
- 如果对执行程序或放弃协议的法律后果有疑问，建议咨询专业律师以获取准确、全面的法律意见。
总结与进一步行动建议：在只有购房合同一方成为被执行人的情况下，签署放弃协议是否会被法院知道取决于多个因素。为了降低法律风险并保护自身权益，建议购房合同一方在签署放弃协议前咨询专业律师，并确保协议内容合法、有效。同时，在执行过程中应保持与法院和相关方的沟通畅通，及时提供所需信息。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。