如果被告协同法院否定亲属关系公证书，你可以采取以下措施来应对：

1. 核实公证书的真实性与合法性：

   • 首先，确认你手中的亲属关系公证书是由具有合法资质的公证机构出具，且公证过程符合法定程序。
   • 检查公证书上的内容是否准确无误，包括亲属关系的描述、公证日期、公证员签名等。
   • 如果公证书存在任何瑕疵或疑问，及时联系公证机构进行补正或解释。

2. 收集并准备其他证据：

   • 除了亲属关系公证书外，收集其他能够证明亲属关系的证据，如户口本、出生证明、结婚证、亲属关系声明书等。
   • 如果可能，寻找能够证明亲属关系的证人，并准备证人证言。
   • 这些证据将有助于在法庭上支持你的主张，即使公证书被质疑，也能有其他证据作为支撑。

3. 向法院提出异议并申请鉴定：

   • 如果被告对公证书提出质疑，你可以在法庭上提出异议，并要求法院对公证书的真实性、合法性进行审查。
   • 根据《民事诉讼法》的相关规定，如果一方当事人对另一方当事人提交的证据有异议，可以申请鉴定。你可以向法院提出申请，要求对公证书进行鉴定，以确认其真实性。
   • 法院在收到申请后，会决定是否进行鉴定，并指定具有相应资质的鉴定机构进行鉴定。

4. 寻求法律援助或咨询专业律师：

   • 在处理此类法律纠纷时，寻求法律援助或咨询专业律师是非常重要的。律师能够为你提供专业的法律意见，帮助你制定应对策略。
   • 律师还可以协助你准备证据材料，代表你出庭应诉，维护你的合法权益。

5. 了解并准备应对可能的法律后果：

   • 如果公证书最终被法院认定无效或存在瑕疵，这可能会对你的案件产生一定影响。因此，你需要了解并准备应对可能的法律后果。
   • 例如，如果公证书是证明你与某亲属关系的关键证据，且该公证书被否定，你可能需要依靠其他证据来证明你的主张。如果其他证据不足，可能会影响你的案件结果。

在处理此类问题时，还需要注意以下几点：

• 保持冷静与理性：面对法律纠纷时，保持冷静与理性至关重要。不要因为情绪激动而做出冲动的决定或行为。
• 积极配合法院工作：在诉讼过程中，积极配合法院的工作，按照法院的要求提交证据材料、参加庭审等。这有助于加快案件的审理进程，并维护你的合法权益。
• 持续关注案件进展：在诉讼过程中，持续关注案件的进展情况，及时了解法院的判决结果。如果对判决结果有异议，可以在法定期限内提起上诉或申请再审。

如果遇到被告协同法院否定亲属关系公证书的情况，不要慌张，按照上述步骤积极应对，并寻求专业律师的帮助，以维护你的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。