税务机关在特定情况下会对法定代表人从公司借款未还款的行为进行税务检查。具体分析如下：

1. 税务机关的稽查范围
   根据《税收征收管理法》及其实施细则，税务机关有权对纳税人的涉税行为进行稽查，包括但不限于收入确认、成本扣除、关联交易等。若法定代表人从公司借款长期未归还，可能涉及以下税务风险点：

   • 视同分红：根据《企业所得税法》及实施条例，若借款超过一年未归还且未用于企业生产经营，可能被税务机关认定为“其他形式的经济利益分配”，需按“利息、股息、红利所得”代扣代缴个人所得税（税率20%）。
   • 利息收入未申报：若借款约定了利息但未支付或未申报纳税，可能涉及增值税（6%）及附加税费、企业所得税（利息收入计入应纳税所得额）的补缴。
   • 关联交易定价：若法定代表人与公司存在关联关系，借款利率明显偏低或无息，可能被税务机关调整应纳税所得额，要求补缴税款及滞纳金。

2. 税务检查的触发条件
   税务机关通常通过以下方式发现此类问题：

   • 风险评估系统：通过大数据分析企业财务报表、纳税申报数据，识别异常借款行为（如长期挂账“其他应收款”）。
   • 专项稽查：针对高风险行业或企业（如家族企业、资金密集型行业）开展专项检查，重点核查关联交易及资金往来。
   • 举报或审计移送：若存在内部举报或审计部门移送线索，税务机关将依法立案检查。

3. 法律后果
   若被查实存在上述问题，企业及法定代表人可能面临：

   • 补缴税款及滞纳金：按税款所属期计算应补缴的税款，并加收每日万分之五的滞纳金。
   • 罚款：根据《税收征收管理法》第六十三条，对偷税行为处不缴或少缴税款50%至5倍的罚款。
   • 刑事责任：若构成逃税罪（如数额较大且占应纳税额10%以上），可能被追究刑事责任（《刑法》第二百零一条）。

建议：若法定代表人存在此类借款行为，应尽快规范财务处理：

• 签订书面借款合同，明确借款期限、利率及用途；
  
• 按期归还借款或按税法规定申报纳税；
  
• 定期自查财务报表，避免长期挂账“其他应收款”。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询税务合规或涉税争议解决相关问题。