在招标过程中，废标是一个可能出现的环节，它可能由于多种原因导致，如招标文件存在缺陷、所有投标均不符合要求、出现影响公正性的违法行为等。针对废标后招标公司如何处理标书问题，以下是一个详细且有条理的解答：

一、确认废标原因并记录

首先，招标公司需要明确废标的具体原因，这是后续处理措施制定的基础。根据《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例，招标人需对废标原因进行详细记录，包括导致废标的具体情形（如投标人不足三家、投标文件不符合要求等），并形成书面文件存档备查。

二、通知相关方

招标公司应及时通知所有参与投标的供应商或承包商，说明废标原因及处理决定。这一步骤至关重要，它确保了信息的透明度和公正性，避免了因信息不对称而引发的争议。

三、处理投标保证金

在废标后，招标公司需要处理投标保证金的问题。根据相关规定，除法定情形外（如投标人存在违法行为），应退还投标保证金及利息。若投标人因自身原因导致废标（如串通投标），则可能面临保证金没收的风险。

四、针对标书的具体处理措施

1. 标书存档与保密：

   • 招标公司应将所有收到的标书进行妥善存档，以备后续可能的审查或参考。
   • 同时，确保标书的保密性，防止信息泄露给未授权的第三方。

2. 分析标书问题：

   • 对废标原因进行深入分析时，若涉及标书问题（如投标文件不符合要求），应详细记录这些问题的具体表现。
   • 这有助于招标公司在未来修改招标文件时，更加明确和具体地设定投标要求，避免类似问题再次发生。

3. 重新招标时的标书处理：

   • 若决定重新招标，招标公司应在新的招标文件中明确说明对标书的新要求或修改点。
   • 同时，确保新招标文件的发布范围和时间足够广泛和充足，以吸引更多潜在供应商参与。

五、重新评估采购需求与调整

废标后，招标公司还应重新评估采购需求，检查招标文件是否存在不合理条款或技术要求过高的问题。根据评估结果，招标公司可以修改采购方案，如放宽资格条件、优化评标标准等，以提高招标的成功率和效率。

六、内部审查与整改

招标公司应对整个招标流程进行内部审查，检查是否存在合规性问题或人为失误。根据审查结果，招标公司应完善内部管理制度，加强人员培训，以防止类似问题在未来再次发生。

七、选择后续处理方式

根据废标的具体原因及项目需求，招标公司可以选择以下处理方式之一：

1. 重新招标：当废标原因可在重新招标时避免时，应优先考虑重新招标。
2. 变更采购方式：若重新招标不可行或成本过高，可根据具体情况选择邀请招标、竞争性谈判、询价、单一来源采购等其他采购方式。
3. 终止采购项目：若项目因政策调整、取消或资金不到位等原因失去采购必要时，可选择终止采购项目。

综上所述，废标后招标公司对标书的处理应包括存档保密、分析问题、重新招标时的调整、重新评估采购需求、内部审查整改以及选择后续处理方式等多个环节。整个过程必须严格遵守国家相关的法律法规和政策要求，确保合法性和合规性。