在运输合同中，收货人付款的依据主要来源于《中华人民共和国民法典》的相关规定，以及运输合同中双方的具体约定。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国民法典》第八百零九条： 该条款定义了运输合同，指出运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。这明确了收货人作为运输合同的一方，有支付运输费用的义务。

2. 《中华人民共和国民法典》第八百三十六条： 该条款具体规定了托运人或者收货人不支付运费、保管费或者其他费用时，承运人对相应的运输货物享有留置权（但当事人另有约定的除外）。这从反面说明了收货人支付相关费用是运输合同中的一项重要义务，若未履行，承运人有权采取法律手段保障自身权益。

二、合同约定

除了法律规定的义务外，运输合同中还可能明确约定收货人支付运费及其他相关费用的具体条款。这些条款可能包括：

• 支付时间：约定收货人应在货物到达后的一定时间内支付运费。
• 支付方式：约定收货人应通过何种方式（如现金、银行转账等）支付运费。
• 费用范围：明确运费是否包括其他附加费用，如装卸费、保险费等。

三、收货人付款的实际情况

在实际操作中，收货人付款的依据通常结合了法律规定和合同约定。具体来说：

• 若合同明确约定由收货人支付运费：则收货人需按照合同约定的时间、方式和范围支付运费。
• 若合同未明确约定或约定不明确：则根据法律规定，收货人作为运输合同的一方，仍需承担支付运输费用的义务。此时，运费的具体金额和支付方式可能由双方协商确定，或参照行业惯例执行。

四、特殊情况下的处理

• 若托运人已支付运费：则收货人无需再次支付。但若运输过程中产生了其他应由收货人承担的费用（如保管费、装卸费等），收货人仍需按时支付。
• 若收货人拒绝支付运费：承运人有权根据法律规定和合同约定采取相应措施，如留置货物、提起诉讼等，以保障自身权益。

综上所述，运输合同中收货人付款的依据主要来源于法律规定和合同约定。在实际操作中，双方应明确约定运费支付的相关条款，以避免纠纷的发生。若发生纠纷，可依据法律规定和合同约定寻求法律途径解决。