在合同诈骗罪案件中，若部分证据缺失，法院的判决会综合全案证据情况，遵循“证据确实、充分”的证明标准，分情况作出不同处理。具体分析如下：

1. 若现有证据足以形成完整证据链，法院仍可定罪处罚
   根据《刑事诉讼法》第五十五条，定罪需达到“证据确实、充分”的标准，即：

   • 证据经法定程序查证属实；
     
   • 综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。
     即使部分证据缺失，若其他证据（如书证、物证、证人证言、被告人供述、鉴定意见等）能相互印证，形成完整证据链，证明被告人实施了合同诈骗行为（如虚构事实、隐瞒真相、骗取财物等），法院仍可认定构成合同诈骗罪，并依法判处刑罚（如有期徒刑、罚金等）。
     

2. 若证据不足导致事实不清，法院可能作出无罪或证据不足判决
   若关键证据缺失（如无法证明被告人主观故意、诈骗手段、财物去向等），且现有证据无法排除合理怀疑，法院会依据《刑事诉讼法》第二百条第三项，以“证据不足，不能认定被告人有罪”为由，作出无罪判决（即“疑罪从无”）。
   例如：若缺乏被告人虚构事实的直接证据（如虚假合同、伪造文件等），且被告人辩称系民事纠纷，法院可能认为指控犯罪的事实不清、证据不足，从而判决无罪。

3. 若证据缺失但案件存在其他情节，法院可能酌情从轻或减轻处罚
   即使部分证据缺失，若被告人存在自首、立功、退赃退赔、认罪认罚等情节，法院可能根据《刑法》相关规定，在量刑时予以从轻或减轻处罚。
   例如：被告人虽否认诈骗故意，但主动退还部分款项，法院可能结合其他证据，认定其犯罪情节较轻，从而在量刑时予以考量。

总结：合同诈骗罪案件中，证据缺失对判决的影响需结合全案证据综合判断。若现有证据充分，法院仍可定罪；若证据不足，则可能无罪或证据不足判决；若存在从轻情节，法院可能酌情调整量刑。具体案件需结合证据情况分析，如有疑问，可直接向我咨询。