若营业执照逾期后缴纳了不应缴纳的费用，能否追回需分情况讨论，具体如下：

1. 若因行政机关错误收费
   根据《中华人民共和国国家赔偿法》第四条，行政机关及其工作人员在行使行政职权时，违法征收、征用财产的，受害人有取得赔偿的权利。若营业执照逾期后，行政机关以不合法理由（如超出法定标准、重复收费等）要求您缴纳费用，您可先通过书面形式向该机关提出异议，要求退还多收款项。若对方拒绝，可向其上级主管部门或同级财政部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，主张返还财产并赔偿利息损失。

2. 若因自身误解或疏忽缴纳费用
   若营业执照逾期后，您因未及时办理延期手续而被要求缴纳滞纳金或罚款，且该费用符合《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及地方性法规的规定（如逾期未换证按日加收一定比例的滞纳金），则此类费用属于合法行政处罚，通常无法追回。但若您能证明行政机关在收费过程中存在程序违法（如未提前告知、未出具合法票据等），可尝试通过行政复议或诉讼主张撤销处罚决定，进而要求退费。

3. 若涉及第三方代办机构违规收费
   若您委托第三方机构代办营业执照延期手续，对方以“加急费”“关系费”等名义收取额外费用，且未实际提供服务或服务不符合约定，则可能构成欺诈或违约。您可依据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，要求对方返还费用并赔偿损失。若对方拒不配合，可向市场监管部门投诉或直接向法院起诉，同时注意保留转账记录、聊天记录等证据。

行动建议：

• 第一步：核实收费依据，要求行政机关或第三方机构出具书面收费文件（如处罚决定书、合同等）；
  
• 第二步：根据收费性质选择救济途径（行政复议、行政诉讼或民事诉讼）；
  
• 第三步：若涉及行政诉讼，注意在知道或应当知道行政行为之日起6个月内提起诉讼，避免超过时效。
  

如有进一步细节（如收费主体、费用性质、是否收到书面通知等），可向我补充说明，我会为您分析具体操作方案。