结论：农民工工作6年后转为正式工，这6年一般应当算作工龄，但具体是否计算以及如何计算，需结合劳动合同签订情况、社保缴纳情况以及单位规章制度等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 从劳动合同签订情况看
   根据《劳动合同法》及相关规定，工龄计算的核心依据是劳动者与用人单位实际建立劳动关系的时间。若农民工在6年期间虽未签订书面劳动合同，但已实际为用人单位提供劳动（如通过考勤记录、工资发放记录、工作证等证据证明），且用人单位未提出异议，则这6年应视为事实劳动关系存续期间，工龄应当连续计算。
   若6年期间用人单位未与农民工签订劳动合同，但后续补签或转为正式工时明确认可此前工作年限（如通过书面协议约定“工龄自入职之日起计算”），则6年工龄同样受法律保护。

2. 从社保缴纳情况看
   社保缴纳记录是证明劳动关系的重要证据。若用人单位在6年期间为农民工缴纳了社会保险（如养老保险、医疗保险等），则社保缴费年限可直接作为工龄的参考依据。即使未缴纳社保，但能通过其他证据（如工资条、工作证等）证明劳动关系，工龄仍可能被认定。
   若用人单位未缴纳社保且拒绝承认工龄，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补缴社保并确认工龄。

3. 从单位规章制度看
   部分用人单位可能通过内部规章制度对工龄计算作出特殊规定（如“试用期不计入工龄”“非正式员工不计入工龄”等）。但此类规定若违反法律强制性规定（如《劳动合同法》中关于试用期最长不得超过6个月的规定），则无效，工龄仍应依法计算。
   若单位规章制度合法且明确约定“转为正式工后此前工作年限计入工龄”，则6年工龄应被认可；若规章制度未明确或排除计算，劳动者可依据事实劳动关系主张权益。

4. 特殊情形：临时工转正式工
   若农民工最初以“临时工”身份入职，但实际工作性质与正式工无异（如长期固定岗位、同工同酬），且用人单位未明确约定“临时工期间不计入工龄”，则6年工龄仍可能被认定。法律上已取消“临时工”与“正式工”的区分，统一以“劳动关系”为判断标准。

建议：

• 保留好6年期间的工作证据（如工资条、考勤记录、工作证、同事证言等），以备维权时使用；
  
• 若单位拒绝计算工龄，可先与单位协商，协商不成可向当地劳动仲裁委员会申请仲裁；
  
• 社保问题可同步向劳动监察部门投诉，要求补缴。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供更详细的解答。