结论前置：在法律框架内，“老赖”（即失信被执行人）注册公司后，其持有的公司股份是可以被法院强制执行的，以偿还其所欠债务。这一执行过程需遵循严格的法律程序，并可能受到某些限制。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与执行基础
根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二条，人民法院有权查封、扣押、冻结被执行人占有的动产、登记在被执行人名下的不动产及其他财产权。股权作为财产权的一种，自然包含在内。因此，“老赖”在公司持有的股份属于可执行的财产范围。
二、执行流程
执行“老赖”在公司中的股份通常包括以下步骤：
冻结股份：法院会向公司及其登记机关发出协助执行通知书，冻结“老赖”所持有的股份，限制其进行转让、质押等处分行为。冻结期限一般不超过三年，到期前法院可办理续冻手续。
评估股份价值：冻结后，法院将委托专业评估机构对股份价值进行评估，综合考虑公司的资产状况、经营业绩、市场前景等因素确定其价值。
拍卖或变卖股份：评估完成后，法院会通过网络司法拍卖平台等方式对股份进行拍卖。若拍卖无人竞买或竞买人的最高应价低于保留价，法院可依法再次拍卖或进行变卖，所得款项用于清偿“老赖”所欠债务。
三、可能遇到的限制与特殊情况处理
在执行过程中，可能会遇到以下限制和特殊情况：
其他股东的优先购买权：对于有限责任公司而言，根据《公司法》规定，股东向股东以外的人转让股权时，其他股东在同等条件下享有优先购买权。因此，在执行“老赖”持有的有限责任公司股份时，法院需通知其他股东，并考虑其优先购买权。
股份存在权利负担：若“老赖”的股份已质押给其他债权人，则质押权人在执行过程中享有优先受偿权。这意味着执行所得款项需先清偿质押权人的债权，剩余部分才能用于清偿申请执行人的债权。
特殊性质的股份：如国有股、外资股等，其转让可能受到相关法律法规和政策的特别限制。在执行这类股份时，需遵循相应的规定和程序。
四、法律建议
对于债权人而言，若发现“老赖”注册公司并持有股份，可向法院申请强制执行其股份。在执行过程中，债权人应积极配合法院的工作，提供必要的证据和信息，以便法院能够准确评估股份价值并顺利执行。同时，债权人也应关注执行过程中可能遇到的限制和特殊情况，以便及时调整策略并维护自身权益。
若您在执行过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。