关于两高一部联合下发的《关于办理暴力恐怖和宗教极端刑事案件适用法律若干问题的意见》是否已经废止的问题，目前该意见并未被明确废止。以下是从不同角度的详细分析：

1. 法规的效力状态：

   • 截至当前，没有公开的法律文件或官方声明明确指出该《意见》已被废止。在法律体系中，一个法规或司法解释的废止通常需要明确的废止决定或新的法规出台并明确替代旧法规。

2. 法规的适用情况：

   • 该《意见》作为两高一部（最高人民法院、最高人民检察院、公安部）联合发布的司法解释性文件，对于办理暴力恐怖和宗教极端刑事案件具有重要的指导作用。
   • 在实际司法实践中，如果该《意见》未被废止，那么它仍然应当被作为办理相关案件的重要参考依据。

3. 法规的更新与替代：

   • 法律体系是一个不断发展和完善的过程，新的法规和司法解释会不断出台以适应社会发展的需要。
   • 如果未来有新的法规或司法解释出台，并明确替代了该《意见》，那么该《意见》将自然失效。但截至目前，并未有此类情况发生。

4. 建议与注意事项：

   • 对于涉及暴力恐怖和宗教极端刑事案件的办理，建议相关司法机关和人员继续遵循该《意见》的规定进行。
   • 同时，也应密切关注法律体系的最新动态，以便及时了解和适应新的法规和司法解释。

总结来说，目前两高一部联合下发的《关于办理暴力恐怖和宗教极端刑事案件适用法律若干问题的意见》并未被明确废止，仍然具有法律效力。在办理相关案件时，应继续遵循该《意见》的规定进行。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。