购房合同原件在办理房产证时被收走，一般情况下无需过度担心，这是办理流程中的正常环节，但您仍可通过以下方式保障自身权益：

1. 确认收走原件的合法性及必要性
   根据《不动产登记暂行条例》及地方实施细则，办理房产证时，不动产登记机构通常需要收取购房合同原件作为权属来源证明材料之一。这是法定程序的一部分，目的是核实房屋买卖的真实性、合法性，并作为档案留存。因此，若收走原件的是正规不动产登记中心，且您已顺利进入房产证办理流程（如已提交其他材料、缴纳税费等），则属于正常操作。

2. 要求出具收件凭证或复印件留存
   为避免后续纠纷（如合同丢失、需用原件办理其他手续等），您可当场向工作人员提出以下要求：

   • 索要收件凭证：要求登记机构出具加盖公章的《材料收件单》，明确注明收取的购房合同原件份数、收件日期及用途，作为您已履行提交义务的证明。
     
   • 留存复印件或扫描件：若登记机构允许，可自行复印或扫描购房合同，并加盖“与原件一致”章（部分地区登记中心可提供免费复印服务），以备后续需要。
     
   • 询问取回时间：若您短期内需用合同原件（如办理公积金提取、商业贷款等），可询问登记中心是否可在房产证办结后取回原件，或是否可提供加盖档案章的复印件替代。

3. 若收走原件的机构非法定登记部门，需警惕风险
   若收走合同的是开发商、中介或其他非政府机构，您需谨慎处理：

   • 核实对方身份：要求对方出示工作证、授权委托书等证明文件，确认其是否有权收取合同原件。
     
   • 拒绝非法要求：根据《民法典》第509条，合同双方应按约定履行义务，除非法律明确规定或双方协商一致，否则任何一方无权单方扣留合同原件。若对方无法提供合法依据，您有权拒绝交出原件，并可向当地住建部门或市场监管部门投诉。
     
   • 留存证据：若已交出原件，务必通过录音、录像、聊天记录等方式记录交涉过程，并尽快向登记中心核实是否需要补充提交合同（部分地区允许用加盖公章的复印件替代原件）。

4. 后续使用合同的替代方案
   即使合同原件被收走，您仍可通过以下方式满足其他手续需求：

   • 使用房产证：房产证是房屋权属的最终证明，多数场景（如落户、子女入学）可直接凭房产证办理，无需合同原件。
     
   • 调取档案：若需合同原件用于诉讼、公证等，可凭身份证、房产证向不动产登记中心申请调取档案，登记中心会出具加盖档案查询章的合同复印件，效力等同于原件。
     
   • 联系开发商补办：若合同丢失且登记中心无存档，可要求开发商协助补办（需支付工本费），或通过法院诉讼确认合同效力（需提供付款凭证、交房证明等辅助材料）。

温馨提示：办理房产证时，建议提前复印购房合同、发票、身份证明等材料，并妥善保管收件凭证。若对流程有疑问，可直接向当地不动产登记中心咨询，或随时向我提问，我会为您详细解答。