发生医疗纠纷时，医院停业注销科室后，患者或相关方去卫健委查询手术批文的合法性与合规性，需分情况讨论：

1. 查询行为的合法性
   根据《政府信息公开条例》及《医疗纠纷预防和处理条例》，患者或其家属作为利害关系人，有权向卫生健康行政部门（卫健委）申请获取与医疗纠纷直接相关的政府信息，包括手术审批文件、医疗机构执业许可等。若查询目的与医疗纠纷处理直接相关（如调查诊疗行为合法性），卫健委原则上应依法公开或提供查询途径，但需符合以下条件：

   • 申请人需提供身份证明及与纠纷的利害关系证明（如病历、纠纷调解协议等）；
     
   • 查询内容不涉及国家秘密、商业秘密或个人隐私（如其他患者信息）；
     
   • 医院已注销科室不影响卫健委对历史审批文件的存档义务，但需确认文件是否仍由卫健委保管（部分文件可能随科室注销转移至档案馆或上级部门）。

2. 医院停业注销科室对查询的影响

   • 科室注销不等于审批文件失效：医院科室的注销或停业需依法办理变更登记，但此前经卫健委审批的手术行为合法性仍需以审批文件为依据。即使科室注销，卫健委仍需对历史审批文件负责，患者有权查询。
     
   • 查询渠道可能受限：若科室注销后，医院整体执业许可未被撤销，患者仍可通过医院申请病历复印或手术记录；若医院整体停业，则需直接向卫健委申请公开审批文件。
     
   • 时效性注意：根据《医疗机构管理条例》，医疗机构注销后，其病历资料保存期限仍需符合《医疗事故处理条例》规定（至少15年），但审批文件的保存期限可能更长，需以卫健委存档规则为准。

3. 合规性建议

   • 患者方：应通过书面形式向卫健委提交信息公开申请，明确查询目的（如医疗纠纷鉴定、诉讼证据收集），并附上身份及利害关系证明。若遭拒绝，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
     
   • 医院方：若科室注销涉及诊疗行为合法性争议，应主动配合提供审批文件或协助患者向卫健委查询，避免因隐瞒信息导致纠纷升级。
     
   • 卫健委方：需在法定期限内（通常15个工作日）答复申请人，若文件涉及第三方权益，应书面征求第三方意见后再决定是否公开。

总结：患者或相关方在医疗纠纷中向卫健委查询手术批文具有合法性，但需符合信息公开申请程序；医院科室注销不影响查询权，但可能改变查询渠道；各方均需遵循法定程序以保障合规性。如有进一步疑问，可直接向我咨询医疗纠纷相关法律问题。