结论：持股100%但法人不一致，并不直接决定这两个主体是否为单独的主体，关键在于它们是否满足法律上独立主体的构成要件。

分析说明：

1. 独立主体的法律构成：

   • 在法律上，一个独立的主体通常指的是具有独立法律人格、能够独立承担民事责任、享有民事权利和承担民事义务的组织或个人。对于公司而言，独立主体通常指的是具有独立法人资格的公司，即能够以自己的名义进行民事活动，独立承担民事责任的公司。

2. 持股100%与法人不一致的情况：

   • 持股100%意味着某个股东或实体完全控制了另一家公司，但这并不直接决定被控制的公司是否是一个独立的法律主体。即使一个股东持股100%，被控制的公司仍然可以是一个独立的法人实体，具有自己的法律人格和民事责任能力。
   • 法人不一致，即两个实体的法定代表人不同，这同样不直接决定它们是否为独立主体。法定代表人只是公司对外代表行使民事权利和履行民事义务的人，其身份的不同并不改变公司本身的法律地位。

3. 判断是否为独立主体的关键因素：

   • 法律人格：是否具有独立的法律人格，即是否能够以自己的名义进行民事活动。
   • 民事责任能力：是否能够独立承担民事责任，即是否因其自身的行为而承担法律后果。
   • 组织结构：是否具有独立的组织结构，包括独立的决策机构、执行机构和监督机构等。
   • 财产独立性：是否具有独立的财产，即其财产是否与股东或其他关联方的财产相区分。

4. 实际应用中的情况：

   • 在实践中，即使一个股东持股100%，如果被控制的公司满足上述独立主体的构成要件，那么它仍然是一个独立的法律主体。例如，一个母公司可能完全控制其子公司，但子公司仍然是一个独立的法人实体，具有自己的法律人格和民事责任能力。
   • 另一方面，如果两个实体虽然持股关系复杂或法定代表人不同，但实际上并不满足独立主体的构成要件（如财产混同、组织结构不独立等），那么它们可能被视为一个整体或关联方，而不是独立的法律主体。

建议与后果：

• 对于公司运营者：应明确公司的法律地位和民事责任能力，确保公司具有独立的法律人格和财产独立性，以避免因关联交易或财产混同等问题而承担不必要的法律责任。
• 对于投资者：在投资前应仔细审查目标公司的法律地位和民事责任能力，确保其是一个独立的法律主体，以降低投资风险。
• 法律后果：如果两个实体被错误地视为独立主体而实际上并不满足构成要件，可能会导致法律责任的混淆和承担不必要的法律风险。反之，如果错误地将两个关联实体视为一个整体而忽略了其独立性，也可能导致法律责任的逃避和损害其他债权人的利益。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。