工程垫资款的主张，在大多数情况下是适用建设工程施工合同纠纷的专属管辖的，但也存在例外情况。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常适用专属管辖的情况
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及最高人民法院关于适用该法的解释第二十八条，因不动产纠纷提起的诉讼，包括建设工程施工合同纠纷，由不动产所在地人民法院专属管辖。这一规定同样适用于工程垫资款的主张，因为工程垫资款纠纷本质上仍属于建设工程施工合同纠纷的一部分，与不动产（即工程项目）紧密相关。
- 工程施工与不动产的紧密联系：施工结果形成不可移动的不动产，如房屋、桥梁等，与特定土地紧密相连。工程垫资款纠纷，作为施工合同纠纷的一种，同样与不动产位置、状态密切相关。由不动产所在地法院管辖，便于实地勘查和准确查明事实。
- 便于证据的收集和审查：工程施工过程中产生的证据（如图纸、变更通知、施工记录）与具体施工地点密切相关。不动产所在地法院具有地缘优势，能更便捷地收集、审查证据，减少举证困难。
- 有利于判决的执行：若判决涉及工程修复、整改或垫资款的支付等执行内容，不动产所在地法院可直接监督执行，确保判决有效执行，保障当事人权益。
二、不适用专属管辖的特殊情况
尽管工程垫资款纠纷通常适用专属管辖，但也存在例外情况：
- 协议管辖约定：根据《民事诉讼法》第三十五条，如果建设工程施工合同的当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。这意味着，如果合同中明确约定了非不动产所在地法院管辖工程垫资款纠纷，那么该约定将优先适用。
- 特定法律规定的不适用：虽然最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》中并未直接提及工程垫资款纠纷不适用专属管辖，但在某些特定情况下，如果法律或司法解释有特别规定，可能会排除专属管辖的适用。不过，这种情况较为罕见，且需要具体分析相关法律规定。
三、结论与建议
综上所述，工程垫资款的主张在大多数情况下是适用建设工程施工合同纠纷的专属管辖的。然而，也存在例外情况，如合同中的协议管辖约定或特定法律规定的不适用。因此，在遇到此类纠纷时，当事人应及时了解法律规定，特别是关注是否存在有效的协议管辖约定或特定法律规定的不适用情况。
建议当事人在签订建设工程施工合同时，就管辖问题作出明确约定，以减少未来可能发生的管辖争议。如果已经发生纠纷，且对管辖问题存在疑问，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。