股东资金来源不明用于投资，需根据具体情况采取不同处理方式，核心在于核实资金合法性并防范法律风险，具体分析如下：

1. 若资金来源非法（如贪污、受贿、诈骗等）

   • 法律后果：根据《刑法》及相关司法解释，非法资金用于投资可能构成洗钱罪（《刑法》第191条）或掩饰、隐瞒犯罪所得罪（《刑法》第312条）。若股东明知资金非法仍参与投资，可能被追究刑事责任，同时投资行为可能被认定为无效，公司需返还资金（若资金已用于经营，可能涉及资产追缴）。
     
   • 处理建议：公司应立即暂停与该股东的合作，向公安机关报案，并配合调查。若公司已接受投资，需评估是否需返还资金或承担连带责任（如公司明知资金非法仍接受投资）。

2. 若资金来源合法但无法证明（如未留存转账记录、收入证明等）

   • 法律后果：虽不构成犯罪，但可能引发民事纠纷。例如，其他股东或债权人可能质疑公司资本真实性，要求股东补足出资或承担违约责任（《公司法》第28条）。若涉及上市或融资，监管机构可能要求核查资金来源，导致项目受阻。
     
   • 处理建议：股东应尽快补充证明材料（如银行流水、税务记录、赠与协议等），证明资金合法性。公司可要求股东签署《资金来源合法承诺书》，并留存备查。若已产生纠纷，可通过诉讼或仲裁确认资金合法性。

3. 若资金来源合法但涉及税务问题（如未申报收入、偷逃税款）

   • 法律后果：股东可能面临税务行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款），若情节严重可能构成逃税罪（《刑法》第201条）。公司若知情仍接受投资，可能被认定为共同违法，承担连带责任。
     
   • 处理建议：股东应主动向税务机关申报并补缴税款，公司应要求股东提供完税证明，并留存相关文件。若已受到税务调查，应配合调查并积极整改。

总结：股东资金来源不明可能引发刑事、民事或行政法律风险，核心在于核实资金合法性。公司应要求股东提供资金来源证明，并留存备查；若已产生纠纷，需根据具体情况采取补救措施或寻求法律救济。如有进一步疑问，可直接向我咨询。