核心结论：股东对别人投资公司的资金的处理方式，需根据资金性质、投资协议约定及公司章程规定等多方面因素综合确定，常见处理方式包括按约定分配权益、履行相应义务及遵守法定程序等。以下分情况详细说明：

1. 若资金为股权性投资

   • 权益分配：当别人以股权投资形式向公司投入资金时，股东需依据投资协议及公司章程，按照各自出资比例或协议特别约定，分配新增股权对应的权益，如分红权、表决权等。例如，若新投资者投入资金后获得公司20%股权，那么原股东的股权比例将相应稀释，各股东按新的股权比例享有公司利润分配等权益。
   • 义务履行：股东需按照公司章程规定，履行对新投资者的义务，如不得侵害其合法权益、在公司决策中遵循公平公正原则等。同时，新投资者成为公司股东后，也需承担股东义务，如按约定出资、遵守公司规章制度等。
   • 程序合规：公司应按照法定程序办理股权变更登记手续，将新投资者的信息记载于公司股东名册，并向公司登记机关申请变更登记。这一过程需确保所有股东的知情权和参与权，避免因程序瑕疵引发纠纷。

2. 若资金为债权性投资

   • 债务承担：若别人以借款等形式向公司提供资金，公司作为债务人需按照借款合同约定，向债权人（即资金提供者）履行还款义务。股东个人一般不对公司债务承担直接偿还责任，但若股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的情形，可能需对公司债务承担连带责任。
   • 决策影响：虽然债权性投资不直接改变公司股权结构，但大量债务可能影响公司的财务状况和经营决策。股东在制定公司发展战略、进行重大投资决策时，需充分考虑债务因素，确保公司具备足够的偿债能力，避免因债务危机导致公司经营困难。
   • 监督义务：股东对公司负有忠实和勤勉义务，对于公司的债务情况有监督职责。若发现公司存在违规举债、债务风险过大等问题，应及时提出异议并采取措施加以纠正，防止公司利益受损。

3. 若投资协议有特别约定

   • 优先权行使：若投资协议中约定了新投资者或原股东的优先购买权、优先认缴权等特别权利，股东在处理投资资金时需严格遵守这些约定。例如，当公司决定增资扩股时，原股东可能享有优先按照实缴出资比例认缴新增资本的权利，若放弃该权利，则其他股东或新投资者可按照约定认缴。
   • 特殊条款履行：投资协议中还可能包含对赌条款、回购条款等特殊安排。股东需按照协议约定，在特定条件成就时履行相应义务，如当公司未达到约定业绩目标时，原股东可能需按照约定价格回购新投资者的股权。
   • 争议解决：若因投资协议履行产生争议，股东应首先通过协商方式解决；协商不成的，可依据协议约定的争议解决方式，如仲裁或诉讼，维护自身合法权益。在争议解决过程中，需注意保留相关证据，如投资协议、付款凭证、公司决策文件等，以支持自己的主张。