涂改协议能否作为证据，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、涂改协议若经双方认可，可作为有效证据

如果协议在涂改后，双方当事人都对涂改的内容表示认可，并且这种认可可以通过书面形式（如签字、盖章）或者口头形式（在诉讼中双方均承认）来确认，那么涂改后的协议仍然可以作为有效的证据。这是因为，证据的核心在于其能够真实反映双方当事人的意思表示，既然双方都对涂改内容无异议，那么该协议自然能够作为证明双方权利义务关系的依据。

二、涂改协议若存在争议，需结合其他证据综合判断

如果协议在涂改后，双方对涂改的内容存在争议，比如一方主张涂改是对方私自进行的，自己并不知情或者不同意，那么此时涂改后的协议就不能单独作为认定案件事实的依据。在这种情况下，需要结合其他证据来综合判断。例如，可以查找是否有其他书面材料、证人证言、录音录像等证据来证明协议涂改的过程和双方的真实意思表示。如果其他证据能够形成完整的证据链，支持某一方的观点，那么法院可能会采纳该方的意见。

三、涂改协议若涉嫌违法，可能不被采纳为证据

如果协议的涂改行为本身涉嫌违法，比如一方通过欺诈、胁迫等手段迫使对方同意涂改协议，或者涂改的内容违反了法律法规的强制性规定，那么这种涂改后的协议可能不会被法院采纳为证据。因为，证据的合法性是证据被采纳的基本前提，如果证据本身存在违法性，那么它就不能作为认定案件事实的依据。

四、实际操作建议

1. 保留原始协议：无论协议是否涂改，都应当尽量保留原始协议，以便在需要时进行比对和验证。
2. 及时沟通确认：如果发现协议被涂改，应当及时与对方进行沟通，确认涂改的内容和双方的真实意思表示，并尽量通过书面形式进行确认。
3. 寻求法律帮助：如果双方对涂改协议存在争议，或者涂改行为涉嫌违法，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，涂改协议能否作为证据，取决于涂改是否得到双方认可、是否存在争议以及涂改行为是否合法等多个因素。在实际操作中，应当尽量保留原始协议、及时沟通确认，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或者需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。