核心结论：公司要求正在进行试管婴儿的员工办理停薪留职，这一做法是否合法需分情况讨论，员工可根据自身情况采取相应措施。以下为具体分析：

1. 若员工处于医疗期，公司无权要求停薪留职
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因试管婴儿相关医疗行为（如取卵、移植、保胎等）需要暂停工作接受治疗的，公司应依法给予医疗期，并支付病假工资（不得低于当地最低工资标准的80%）。若公司强行要求停薪留职，属于违法行为，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付医疗期工资及赔偿。

2. 若员工未处于医疗期，公司要求停薪留职需协商一致
   若员工因试管婴儿流程暂时无法正常工作，但未达到医疗期标准（如仅需定期检查），公司要求停薪留职需与员工协商一致。根据《劳动合同法》第35条，变更劳动合同（如停薪留职）需双方书面同意。若员工不同意，公司无权单方面强制执行，否则可能构成违法解除劳动合同，员工可要求继续履行合同或索赔。

3. 若公司以“旷工”等理由单方面停薪，员工可维权
   若员工因试管婴儿相关事宜请假（如手术、休养），公司未批准请假申请并直接按旷工处理、停薪或解雇，属于违法行为。员工需保留请假记录、医疗证明等证据，通过劳动仲裁要求公司支付工资、赔偿金或恢复劳动关系。

建议行动步骤：

1. 核实公司要求停薪留职的依据（如是否以医疗期、旷工等理由）；
   
2. 收集试管婴儿相关医疗证明、请假记录等证据；
   
3. 与公司协商，明确拒绝违法要求；
   
4. 若协商无果，向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

温馨提示：试管婴儿属于员工个人隐私，公司无权因员工进行试管婴儿而歧视或变相解雇。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律流程。