若被执行人与自诉人达成协议并履行了义务，自诉人仍坚持拒执罪自诉的，法院将根据具体情况作出相应处理，通常不会继续追究被执行人的拒执罪刑事责任，但需满足一定条件。具体分析如下：

1. 协议履行对拒执罪认定的影响
   根据《刑法》第三百一十三条及司法解释，拒不执行判决、裁定罪的成立需以“有能力执行而拒不执行，情节严重”为前提。若被执行人与自诉人达成执行和解协议并已实际履行全部义务，表明其主观上已消除拒不执行的意思，客观上也不存在继续逃避执行的行为，此时自诉人指控的“拒执”事实基础已不存在，法院通常不会认定构成拒执罪。

2. 自诉案件的撤诉与驳回

   • 撤诉处理：若自诉人在被执行人履行义务后主动向法院申请撤诉，法院经审查认为符合撤诉条件（如自愿、不损害公共利益等），将裁定准许撤诉，案件终结。
     
   • 驳回起诉：若自诉人坚持起诉，法院将审查被执行人是否已履行义务。若证据显示协议已履行完毕，法院将依据《刑事诉讼法》及相关司法解释，以“缺乏罪证”或“犯罪事实显著轻微”为由，裁定驳回自诉，终止刑事程序。

3. 例外情形：部分履行或虚假履行
   若被执行人仅部分履行义务，或通过虚假协议、拖延履行等方式规避执行，自诉人仍可继续追究拒执罪。此时需重点审查：

   • 协议是否真实有效（如是否经法院确认）；
     
   • 履行是否彻底（如是否完全履行判决确定的金额、行为义务）；
     
   • 是否存在恶意转移财产、隐匿收入等行为。
     若存在上述情形，法院可能认定被执行人仍构成拒执罪，并依法追究刑事责任。

建议：

• 被执行人应保留协议文本、付款凭证、履行证明等材料，以证明义务已履行完毕；
  
• 自诉人若对履行情况有异议，可向法院申请恢复执行或通过民事诉讼主张权利，而非坚持刑事自诉；
  
• 双方若对协议履行存在争议，可申请法院介入调解或确认履行情况，避免刑事程序的不必要延续。
  

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