拆除违建是一个必须严格遵循法定程序的过程，以确保行为的合法性和正当性，同时保护当事人的合法权益。以下是一个清晰、详细且有深度的解答，关于如何保证拆除违建的程序合法：

一、调查取证阶段

1. 接收线索：行政机关可以通过日常巡查、群众投诉举报等方式接收违建线索。
2. 实地调查：执法人员需实地勘查违建现场，测量建筑尺寸、记录建筑结构、了解建筑用途等，并收集相关书证、物证，如建设审批文件（若有）、周边居民证人证言等。
3. 锁定事实：通过多方面调查，明确建筑是否未经规划许可擅自建设，或是否违反建设工程规划许可证规定进行建设，从而确定违建的违法性质与具体情形。

二、责令限期拆除阶段

1. 作出决定：若确认为违建，行政机关将依法作出责令限期拆除决定，并以书面形式送达违建当事人。
2. 告知内容：决定书中需告知当事人建筑违法事实、违反的法规条款，以及限定其在一定期限内自行拆除违建。
3. 自行纠错机会：这一程序给予当事人自行纠错的机会，若当事人在限期内主动拆除违建，行政机关通常不再采取进一步强制手段。

三、催告履行阶段

1. 发出催告：限期拆除期限临近或届满，若当事人未自行拆除违建，行政机关将发出催告通知。
2. 提醒义务：催告书会再次提醒当事人拆除义务，并告知其逾期不拆将面临强制拆除以及可能带来的法律后果，如自行承担拆除费用、因阻碍执法面临行政处罚等。

四、听证程序阶段（如适用）

1. 申请听证：若当事人对违建认定、拆除决定等有异议，可申请听证。
2. 组织听证：行政机关需组织听证会，邀请双方及相关专业人员参加。
3. 陈述申辩：听证会上，执法人员陈述认定违建事实、证据与拆除依据，当事人则提出质疑、提供反驳证据，双方进行充分辩论。

五、作出强制拆除决定阶段

1. 严格审批：若当事人经催告仍不拆除违建且无正当理由，行政机关将依法作出强制拆除决定，并严格按照内部审批流程进行。
2. 载明信息：强制拆除决定书中需载明当事人信息、违建事实、拆除依据、实施拆除时间、地点以及当事人享有的行政复议、行政诉讼等救济权利。

六、公告与实施拆除阶段

1. 提前公告：行政机关需提前公告强制拆除相关信息，包括拆除对象、时间、地点等，接受公众监督。
2. 安全拆除：实施拆除时，执法人员需表明身份，严格按既定拆除方案操作，确保拆除过程安全有序。同时，对违建内物品进行妥善清点、登记、搬运、保管，避免造成不必要财产损失。

综上所述，拆除违建必须严格遵循法定程序，从调查取证到最终实施拆除，每个环节都有明确的法律要求和操作规范。只有这样，才能确保拆除行为的合法合规性，既维护城市规划与建设秩序，又保障当事人的合法权益。