核心结论：针对合伙做生意入股资金被占用且对方亏损的情况，您可以通过协商、法律途径追责、清算合伙财产、追究对方违约或侵权责任等方式来维护自身权益，具体需结合实际情况选择合适的方式。以下为详细分析：

一、明确资金占用性质与合伙协议约定

1. 查看合伙协议：首先，要仔细查看当初签订的合伙协议，看其中对于入股资金的用途、管理、监督以及亏损分担等方面是否有明确约定。如果协议中有规定资金不得被擅自占用，或者规定了资金占用的违约责任，那么对方的行为就构成了违约。
2. 资金占用性质：若对方未经您同意，擅自将入股资金用于非合伙事务，这可能构成对合伙财产的侵占或挪用，是违法行为。

二、尝试协商解决

1. 沟通协商：在发现资金被占用且对方亏损后，首先可以尝试与对方进行友好协商，了解资金占用的具体原因、亏损的具体情况，以及对方对于解决问题的态度和方案。
2. 达成和解：如果对方愿意承认错误并承诺归还资金或采取其他补救措施，双方可以达成和解协议，明确还款期限、方式等。

三、采取法律途径追责

1. 提起民事诉讼：如果协商无果，您可以根据合伙协议的约定或相关法律规定，向法院提起民事诉讼，要求对方归还被占用的资金，并赔偿因资金占用给您造成的损失（如利息损失、因资金无法及时投入而错过的商机等）。
2. 申请财产保全：在提起诉讼的同时，为了防止对方转移财产，您可以向法院申请财产保全，冻结对方的银行账户、查封其财产等。

四、考虑合伙清算与亏损分担

1. 合伙清算：如果合伙关系已经无法继续维持，您可以提议进行合伙清算。清算过程中，会全面审查合伙的财务状况，包括资金占用、亏损等情况，并按照合伙协议的约定或法律规定分担亏损。
2. 亏损分担：根据《合伙企业法》等相关法律规定，合伙企业的亏损由合伙人按照合伙协议约定的比例分担；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分担。

五、追究对方违约或侵权责任

1. 违约责任：如果对方的行为违反了合伙协议的约定，您可以要求其承担违约责任，包括赔偿损失、支付违约金等。
2. 侵权责任：如果对方的行为构成了对合伙财产的侵占或挪用，侵犯了您的财产权益，您还可以要求其承担侵权责任，包括返还财产、赔偿损失等。

行动建议：在处理此类问题时，建议您保持冷静，收集并保存好相关证据（如合伙协议、资金转账记录、沟通记录等），以便在协商或诉讼过程中维护自己的合法权益。如果您对此类问题感到困惑或无法处理，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。