若公司明确不接受档案转入，在三方协议中可按以下方式处理并撰写相关条款：

1. 明确档案处理方式
   在三方协议的“档案转递”或“补充条款”部分，直接写明：“因乙方（公司）明确不接收甲方（毕业生）档案，甲方档案将由生源地公共就业和人才服务机构或毕业院校保管，乙方无需办理档案接收手续。”
   法律依据：根据《档案法》及高校毕业生就业政策，档案可存放于生源地人才市场、工作单位（具备档案保管权限）或毕业院校，公司无强制接收义务。

2. 补充违约责任条款（可选）
   若担心未来因档案问题产生纠纷，可增加：“若因乙方原因导致甲方档案滞留、丢失或影响甲方权益，乙方应承担相应赔偿责任。”
   作用：明确公司责任，避免其以“未接收档案”为由推卸义务（如社保办理、职称评定等需档案的情形）。

3. 与学校沟通确认流程
   部分高校要求三方协议中必须填写档案接收单位，若公司不接收，需提前与学校就业指导中心说明情况，协商填写“生源地人才市场”或“学校暂存”，并附上公司出具的《不接收档案声明》（加盖公章）作为证明。

注意事项：

• 若公司属于国企、事业单位或央企，通常需接收档案，若其拒绝可能涉嫌违规，可要求其出具书面说明并保留证据；
  
• 档案存放关系社保、落户、职称评定等，务必确保最终存档单位具备保管权限（可通过当地人社局官网查询）；
  
• 三方协议签订后，若公司反悔要求接收档案，你有权拒绝并要求按原协议履行，必要时可向当地劳动监察部门投诉。
  

如有其他细节需进一步明确（如公司类型、协议具体条款等），可直接向我咨询。