核心结论：土地纠纷判决胜诉后执行局称土地证书有问题，您需根据具体问题类型采取针对性措施，包括核实证书真实性、补正手续、申请行政复议或诉讼、与执行局沟通及必要时申请再审。以下为详细分析：
核实土地证书的真实性与合法性
首先需确认土地证书是否存在伪造、变造或登记错误等情形。若证书本身存在瑕疵（如登记内容与实际权属不符、颁发程序违法），执行局有权中止执行程序。您可向发证机关（如自然资源局）申请调取档案，核查证书的登记信息、审批流程及历史变更记录。若发现证书确有问题，需立即启动更正程序，避免因权属争议导致执行受阻。
补正或完善土地证书相关手续
若证书因程序瑕疵（如未公告、未缴清费用）被质疑，您需根据《不动产登记暂行条例》及地方实施细则，向发证机关申请补正手续。例如，若因未缴纳土地出让金导致证书效力存疑，需补缴费用并取得缴费凭证；若因登记信息错误，需提交权属证明材料申请更正登记。补正后，及时向执行局提交新证书或补正证明，推动执行程序恢复。
对证书效力提出行政复议或诉讼
若执行局以证书违法为由直接否定其效力，而您认为证书合法有效，可依据《行政复议法》或《行政诉讼法》，对发证机关的具体行政行为（如撤销证书决定）提起复议或诉讼。例如，若发证机关因第三人异议擅自注销您的证书，您需在法定期限内申请复议或起诉，要求撤销注销行为并确认证书效力。此路径旨在通过行政或司法程序确认证书合法性，为执行提供依据。
与执行局沟通并提交反驳证据
在执行阶段，您需主动与执行局沟通，了解其质疑证书的具体依据（如第三人异议、登记档案矛盾等），并针对性提交反驳证据。例如，若第三人主张证书侵犯其权益，您可提交历史使用证明、权属协议等材料，证明您对土地的合法占有或继承关系；若执行局认为证书与规划不符，您可提交规划部门出具的合规证明。通过充分举证，消除执行局的合理怀疑。
申请法院对执行依据进行审查或再审
若执行局以证书问题为由裁定“终结执行”或“不予执行”，而您认为原判决正确，可依据《民事诉讼法》第232条，向执行法院提出书面异议，要求审查执行依据的合法性。若异议被驳回，您可在15日内向上一级法院申请复议。此外，若证书问题涉及原判决认定事实错误（如权属判断失误），您可依据《民事诉讼法》第207条申请再审，通过审判监督程序纠正错误判决，从根本上解决执行障碍。
行动建议：
土地证书问题可能涉及行政、民事双重法律关系，需结合具体情形选择最优解决路径。如有进一步疑问，可直接向我咨询。