当保价运输的货物在运输过程中发生损失，且保额低于货物实际价值时，赔偿问题的处理需依据一系列法律法规、运输合同的约定以及快递公司的具体规定来综合考量。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿原则
遵循约定优先：
- 如果托运人或寄件人在托运时按照货物的实际价值进行了足额保价，货物发生损失时，承运人（如快递公司）应按照保价金额进行赔偿。
- 若保价金额低于货物实际价值，赔偿则通常按照保价金额与货物实际价值的比例来计算。
法律规定为基准：
- 在国内运输中，不同运输方式（如铁路、航空）有各自的法律法规，如《中华人民共和国铁路法》、《中国民用航空货物国内运输规则》等，这些法规规定了承运人的赔偿责任和限额。
- 国际运输则主要遵循国际公约和相关惯例，如《华沙公约》及其后续修订、《海牙规则》等，这些国际规则同样对赔偿问题有明确规定。
二、赔偿方式及标准
全损情况：
- 若货物在运输过程中完全丢失或损坏到无法使用，承运人应按照保价金额全额赔偿，但赔偿金额不会超过货物的实际价值（在保额低于实际价值的情况下，即按保额赔偿）。
部分损失情况：
- 若货物部分损毁或数量短缺，承运人将按照实际损失比例进行赔偿，赔偿金额同样最高不超过保价金额。具体计算方式可能因承运人或快递公司的规定而有所不同。
实际损失与保价金额的关系：
- 若实际损失低于保价金额，承运人通常按实际损失赔偿。
- 若实际损失高于保价金额，但托运人已声明保价并支付了相应费用，赔偿金额仍以保价金额为限。
三、赔偿程序及所需材料
及时通知承运人：
- 托运人或收货人在发现货物损失后，应立即通知承运人，并提供货物损失的相关证据，如照片、损失清单等。
协商赔偿事宜：
- 双方应就赔偿金额、赔偿方式等事宜进行协商，根据运输合同的约定和相关法律法规来确定最终的赔偿方案。
准备申请赔偿材料：
- 通常需要提供快递单号、购买凭证、物品价值证明（如发票、收据等）、损失证明（如照片、视频等）以支持赔偿申请。
寻求法律途径：
- 若协商无果，托运人或收货人可以向有管辖权的法院提起诉讼，或者根据运输合同中的仲裁条款申请仲裁来维护自己的权益。
四、注意事项
过错责任原则：
- 赔偿的前提通常是承运人的过错导致的货物损失。如果损失是由于不可抗力、寄件人自身原因等造成的，承运人可能不承担赔偿责任。
保价金额的合理性：
- 保价金额应基于货物的实际价值来确定。如果保价金额明显过高或不符合实际情况，承运人可能会参考市价来调整赔偿金额。
充分了解规定：
- 寄件人在寄送保价快递前，应充分了解相关法律法规、运输合同的约定以及快递公司的具体规定和要求，以便在发生损失时能够顺利获得赔偿。
综上所述，当保价运输的货物发生损失且保额低于货物实际价值时，赔偿问题的处理需要综合考虑多个因素。托运人或寄件人应了解并遵循相关法律法规、运输合同约定以及快递公司的规定，以便在需要时能够维护自己的合法权益。