药店转让时，员工是否有赔偿需根据具体情况判断，主要取决于转让的性质、劳动合同的履行情况以及相关法律法规的适用。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同的承继与履行

• 劳动合同承继：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。药店转让若属于合并或分立（如股权转让、资产整体转让等），原劳动合同应由受让方继续履行，员工的工作岗位、工资待遇等原则上不应发生变化。此时，员工通常无权要求赔偿，但有权要求受让方继续履行原劳动合同。
• 例外情形：若受让方明确拒绝承继原劳动合同（如仅购买药店资产而不承接员工），或转让导致劳动合同无法继续履行（如药店注销后重新注册新主体），则可能涉及经济补偿问题。

2. 经济补偿的适用情形

• 协商解除劳动合同：若转让过程中，原用人单位（转让方）或受让方与员工协商一致解除劳动合同，根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位需支付经济补偿。经济补偿按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资（不满六个月的支付半个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算）。
• 用人单位单方解除劳动合同：若转让导致劳动合同无法履行，且用人单位未与员工协商一致，用人单位需提前三十日书面通知员工或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿。但若用人单位违法解除劳动合同（如未履行法定程序），员工有权要求继续履行劳动合同或主张赔偿金（赔偿金为经济补偿标准的二倍）。
• 员工主动辞职：若员工因药店转让主动提出辞职，且不属于《劳动合同法》第三十八条规定的“被迫辞职”情形（如未及时支付劳动报酬、未依法缴纳社保等），则通常无权要求经济补偿或赔偿。

3. 特殊情形：工伤赔偿

• 若员工在药店转让前已发生工伤且未享受工伤待遇，根据《工伤保险条例》及相关规定，原用人单位（转让方）需承担工伤赔偿责任。若转让后受让方承继原用人单位的权利义务，则由受让方承担工伤赔偿责任。员工有权要求受让方继续支付工伤待遇（如医疗费、伤残补助金等）。

4. 实务建议

• 员工角度：
  1. 核实转让性质（如股权转让、资产转让、注销后新设等），要求原用人单位或受让方出具书面说明，明确劳动合同是否继续履行。
  2. 若劳动合同无法继续履行，要求用人单位依法支付经济补偿或赔偿金，并保留相关证据（如劳动合同、工资记录、解除通知等）。
  3. 若涉及工伤，及时申请工伤认定并主张工伤待遇。
• 用人单位角度：
  1. 转让前与受让方明确约定员工安置方案（如劳动合同承继、经济补偿承担等），避免纠纷。
  2. 依法履行解除或终止劳动合同的程序（如提前通知、支付经济补偿等），降低违法风险。

总结：药店转让时，员工是否有赔偿需结合转让性质、劳动合同履行情况及法律规定综合判断。若劳动合同继续履行，员工通常无权要求赔偿；若劳动合同解除或终止，则可能涉及经济补偿或赔偿金。若涉及工伤，员工有权主张工伤待遇。如有具体问题，可直接向我咨询。