在我国现行的劳动法体系下，公司直接对员工进行罚款是违法的。这一结论基于以下几点详细分析：
一、罚款的违法性依据
法律法规明确规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位不具备对劳动者进行经济处罚（即罚款）的权利。罚款作为行政处罚的一种，其执行权仅属于具有行政处罚权的行政机关，企业无权直接执行。
- 司法实践也普遍支持这一观点，多数劳动争议案件中，仲裁机构或法院会判定公司的直接罚款行为不具有合法性。
工资克扣的禁止：
- 法律法规要求用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得无故克扣或拖欠。公司以罚款名义直接克扣员工工资，显然违反了这一规定。
二、合法经济扣减的情形
尽管公司不能直接罚款，但在以下特定情形下，法律允许公司进行合法的经济扣减：
因员工过错造成损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求其赔偿，并从其工资中扣除。但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
基于合法有效的规章制度：
- 公司可制定经过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商等）且内容不违反法律法规的规章制度。当员工违反这些规章制度时，公司可按规定进行相应处理，如扣减绩效奖金等。但这些措施必须确保合法且合理，不得滥用。
三、公司合法管理员工的建议
为了确保公司管理的合法性，同时维护企业秩序和利益，公司可以采取以下措施：
制定并完善规章制度：
- 依法制定规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施。确保规章制度经过民主程序制定，并向员工公示，使员工知晓并同意遵守。
采取经济赔偿措施：
- 对于因员工过错给公司造成的经济损失，可以要求员工进行赔偿。赔偿金额和方式应合理合法，不得违反国家强制性法律规定，并确保不影响员工的基本生活费用。
实施纪律处分：
- 对于违反公司规章制度的员工，可以给予警告、记过、降职、辞退等纪律处分。处分措施应与员工的过错程度相适应，并确保不违反法律法规的规定。
四、员工权益保护途径
如果公司违法对员工进行罚款或克扣工资，员工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
向劳动监察部门投诉：
- 向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为，要求依法查处。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如劳动监察部门的处理结果不满意，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
综上所述，公司直接对员工进行罚款是违法的，但可以在特定条件下依据劳动合同或合法有效的规章制度进行合理扣款。公司应采取合法的管理方式来维护企业秩序和利益，同时确保员工的合法权益得到保护。