在探讨公司对员工罚款是否违法的问题时，我们首先要明确的是，在大多数情况下，公司直接对员工进行罚款是违法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况：
一、法律依据与罚款的违法性
劳动法规定：根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并不具备对劳动者进行经济处罚（即罚款）的权利。这两部法律的核心在于保护劳动者的合法权益，并未赋予用人单位罚款的权力。
行政处罚权的限制：罚款属于行政处罚的一种，依据法律规定，只有具有行政处罚权的行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织，在法定职权范围内才有权实施罚款。公司作为普通的民事主体，并不具备这种行政处罚权。
法律责任：如果公司违法对员工实施罚款，将面临劳动保障行政部门的责令限期支付克扣的工资，并可能加付赔偿金等法律责任。
二、合法经济扣减的情形
尽管公司不能直接对员工进行罚款，但在特定情况下，法律允许公司进行合法的经济扣减，但这并不等同于直接的罚款：
员工过错造成损失：当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司有权要求员工进行赔偿。在这种情况下，公司可以从员工工资中扣除相应赔偿金额，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
基于合法有效的规章制度：公司可以制定合法有效的规章制度来规范员工行为，这些规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示。在规章制度中，可以设定对于某些违规行为的相应处理措施，如警告、记过、扣减绩效奖金等，但这些措施不应涉及直接的经济罚款。如果规章制度中明确规定了因特定违规行为而扣除一定比例的工资作为惩戒（例如旷工扣除当日工资），并且这一规定符合法定程序，那么这种扣除可能被视为合理。
三、公司合法管理员工的建议
制定并执行合理的规章制度：公司应制定合理的规章制度来管理和约束员工行为，明确违纪行为及相应的处罚措施，并确保这些措施符合法律法规要求。
采用非经济处罚措施：对于员工的违规行为，公司可以优先考虑采用非经济处罚措施，如警告、记过、降职等，以维护公司秩序和员工权益。
经济赔偿协议：对于因员工个人原因造成的经济损失，公司可与员工签订经济赔偿协议，按照法律规定的方式和比例进行赔偿。
四、员工权益保护途径
如果员工认为公司存在违法罚款行为，应积极维护自身合法权益。员工可以向劳动保障监察部门投诉举报，要求公司支付被克扣的工资，并可能获得赔偿金。此外，员工还可以通过劳动仲裁或诉讼等途径来寻求法律帮助和救济。
综上所述，公司直接对员工进行罚款在大多数情况下是违法的。公司应通过制定合法有效的规章制度和管理措施来规范员工行为，并在必要时采取合法的经济扣减措施（如赔偿损失）。同时，员工也应了解自身权益，积极维护合法权益不受侵犯。在遇到问题时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律指导和帮助。