针对违反《医疗机构管理条例》第三十一条的处理依据，主要依据该条例的第四十七条进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、法规依据

《医疗机构管理条例》第三十一条规定：“医疗机构对危重病人应当立即抢救。对限于设备或者技术条件不能诊治的病人，应当及时转诊。”这是医疗机构在面对危重病人或无法诊治的病人时，应尽的基本职责和义务。

二、处罚依据

若医疗机构违反上述规定，即未对危重病人立即抢救，或对限于设备或者技术条件不能诊治的病人未及时转诊，将依据《医疗机构管理条例》第四十七条进行处罚。该条规定：“违反本条例第二十七条规定，诊疗活动超出登记范围的，由县级以上人民政府卫生行政部门予以警告、责令其改正，并可以根据情节处以3000元以下的罚款；情节严重的，吊销其《医疗机构执业许可证》。但针对第三十一条的违反，虽未直接提及第四十七条中的“诊疗活动超出登记范围”，但实践中，未履行对危重病人的抢救义务或未及时转诊病人，可视为未按照登记的诊疗科目范围进行诊疗活动的一种情形，或者更广泛地理解为违反了医疗机构的基本执业规范和道德准则，因此同样可以依据第四十七条的精神进行处罚，具体处罚措施包括警告、责令改正，并可根据情节处以罚款，情节严重的，还可能吊销《医疗机构执业许可证》。不过，更直接和明确的处罚依据，在部分地方性法规或规章中可能有更具体的规定，或者通过卫生行政部门的解释性文件来明确。在缺乏具体地方性规定时，通常依据《医疗机构管理条例》的总体原则和精神进行处罚。

三、实际处罚考量

在实际操作中，卫生行政部门在决定处罚时，会综合考虑多种因素，如违规行为的性质、情节、后果以及医疗机构的态度和整改情况等。因此，即使两个医疗机构都违反了第三十一条的规定，也可能因为具体情况的不同而受到不同的处罚。

四、建议

1. 医疗机构应严格遵守规定：医疗机构应加强对医务人员的培训和管理，确保他们熟悉并遵守《医疗机构管理条例》的相关规定，特别是关于危重病人抢救和转诊的规定。
2. 及时整改和报告：一旦发现违规行为，医疗机构应立即进行整改，并向卫生行政部门报告，以减轻可能的处罚。
3. 寻求法律帮助：如果医疗机构对处罚有异议或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。