农村集体土地上的违建问题，主要由自然资源部门、农业农村部门以及乡镇人民政府负责管理，具体由哪个部门管辖取决于违建的具体情况和所在区域。以下是对各部门职责的详细分析：

1. 自然资源部门（原国土资源管理部门）

   • 主要职责：自然资源部门是土地资源管理和监督的主要部门，负责审查土地使用是否符合土地利用总体规划，查处非法占用土地等违建行为。对于农村集体土地上的违建，特别是未经批准或采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地进行建设的行为，自然资源部门有权进行查处。
   • 具体措施：自然资源部门可以责令停止违法行为、限期拆除违法建筑，并恢复土地原状。例如，对于村民在集体土地上擅自建设厂房、住宅等非农设施的行为，自然资源部门有权依法介入处理。

2. 农业农村部门

   • 主要职责：农业农村部门在农村土地管理和违建管理方面也承担重要职责，特别是涉及农村宅基地管理等方面。农业农村部门负责建立健全宅基地分配、使用、流转等管理制度，并指导宅基地合理布局、闲置宅基地和闲置农房利用。
   • 具体措施：对于农民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，农业农村部门有权进行监督检查和处罚，包括责令退还非法占用的土地，限期拆除新建房屋等。

3. 乡镇人民政府

   • 主要职责：乡镇人民政府作为基层政府，负责辖区内的土地管理和城乡规划实施工作。对于农村集体土地上的违建行为，乡镇人民政府有责任进行日常巡查和监管，及时发现并制止违建行为。
   • 具体措施：乡镇人民政府有权责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以组织拆除违法建筑。在部分地区，根据相关授权，乡镇人民政府还可以直接查处部分符合条件的农村违建，并组织实施拆除等工作。

综合分析：

• 多部门协作：农村集体土地上的违建问题往往涉及多个方面，需要自然资源部门、农业农村部门以及乡镇人民政府等多个部门共同协作来处理。各部门根据各自的专业领域和职责范围，形成合力，确保违法建筑得到有效遏制和拆除。
• 举报与咨询：如果您发现农村集体土地上的违法建筑，可以向以上相关部门进行举报或咨询。各部门会根据具体情况给出相应的处理意见和措施，保障农村土地资源的合理利用和乡村规划建设的顺利进行。

法律后果：

• 对于非法占用土地进行建设的行为，根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的规定，可能会面临责令退还非法占用的土地、限期拆除违法建筑、恢复土地原状以及罚款等法律后果。如果情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。

因此，在处理农村集体土地上的违建问题时，应首先判断违建的具体情况和所在区域，然后向对应的政府部门反映和举报违建情况。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。