建设单位在施工单位施工造成建筑物层高及总高度超出允许偏差的情况下，可以通过以下途径进行索赔：

1. 合同索赔：

   • 审查合同条款：首先，建设单位应仔细审查与施工单位签订的施工合同，特别是关于工程质量、偏差范围、违约责任等条款。如果合同中明确规定了层高及总高度的允许偏差范围，以及超出该范围时的违约责任和赔偿方式，那么建设单位可以直接依据合同条款向施工单位提出索赔。
   • 索赔流程：按照合同约定的索赔流程，建设单位应向施工单位发出书面索赔通知，明确索赔的理由、金额和依据。同时，应保留好相关证据，如施工图纸、测量记录、验收报告等，以证明施工单位确实存在违约行为。

2. 法律途径索赔：

   • 法律依据：如果合同中没有明确约定或约定不明确，建设单位可以依据《中华人民共和国民法典》中关于建设工程合同的相关规定，以及《建设工程质量管理条例》等行政法规，向施工单位主张权利。这些法律法规通常规定了施工单位对工程质量应承担的责任和义务，以及因质量问题给建设单位造成损失时的赔偿责任。
   • 诉讼或仲裁：在协商无果的情况下，建设单位可以选择向人民法院提起诉讼或根据合同约定向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，建设单位需要提供充分的证据证明施工单位的行为构成了违约，并导致了实际损失的发生。法院或仲裁机构将根据事实和法律规定，判决或裁决施工单位承担相应的赔偿责任。

3. 索赔内容：

   • 直接损失：建设单位可以索赔因施工单位违约行为导致的直接经济损失，如因层高或总高度超出允许偏差而需要进行的整改费用、因整改导致的工期延误损失等。
   • 间接损失：如果因施工单位的违约行为给建设单位造成了其他间接损失，如因工期延误导致的租金损失、销售损失等，建设单位也可以根据实际情况向施工单位提出索赔。但需要注意的是，间接损失的索赔通常需要建设单位提供充分的证据证明该损失与施工单位的违约行为之间存在因果关系。

在索赔过程中，建设单位需要注意以下几点：

• 及时保留证据：在发现施工单位存在违约行为时，建设单位应立即采取措施保留相关证据，如拍照、录像、测量记录等，以便在后续的索赔过程中提供有力的支持。
• 合理计算损失：建设单位在索赔时应合理计算损失金额，避免过高或过低的索赔要求。如果索赔金额过高，可能会被法院或仲裁机构认为缺乏合理性而予以驳回；如果索赔金额过低，则可能无法充分弥补建设单位的实际损失。
• 积极协商解决：在索赔过程中，建设单位应积极与施工单位进行协商，寻求和解的可能性。通过协商解决纠纷不仅可以节省时间和成本，还可以维护双方之间的合作关系。

最后，建议建设单位在遇到此类问题时及时咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的索赔策略并维护自身合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。