建档立卡的认定工作主要由扶贫部门负责。具体来说，建档立卡家庭，即建档立卡贫困户，是根据一定的识别标准，如以农户收入为基本依据，并综合考虑住房、教育、健康等情况，通过农户申请、民主评议、公示公告和逐级审核的方式，整户识别的贫困户。这一过程中，扶贫部门起着核心和主导的作用，他们负责确定哪些家庭符合建档立卡的标准，并对其进行认定。

对于建档立卡家庭中的在校学生，即建档立卡家庭经济困难学生，同样由扶贫部门在认定建档立卡家庭的过程中一并确认其身份。这些学生因此有资格享受相关的教育资助政策，如免除学杂费等。

此外，整个认定过程需要遵循一定的原则和程序，确保公平、公正、公开。例如，认定工作要坚持实事求是、客观公平的原则，以学生家庭经济状况为主要认定依据；同时，认定过程和结果需要公开透明，但也要尊重和保护学生的隐私。

总的来说，建档立卡的认定是一个严谨而细致的过程，它涉及到多个环节和多个部门的协同工作，但核心和主导的责任在于扶贫部门。