在合同纠纷中，关于甲方需要乙方退部分款时，是乙方申请红冲还是甲方申请的问题，这主要取决于双方合同中的具体约定以及交易习惯，但通常情况下，若涉及退款及发票处理，一般由退款方（即乙方，如果乙方是收款方且需退款）来发起红冲申请。以下从几个方面进行详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 首先，应查看双方签订的合同中是否有关于退款及发票处理的明确约定。如果合同中明确规定了退款时发票的处理方式，包括谁应申请红冲等，那么双方应严格按照合同约定执行。

2. 交易习惯与行业惯例：

   • 在没有合同明确约定的情况下，可以参考交易习惯和行业惯例。在建设工程、商品交易等领域，通常退款方（即实际收到款项但需退还的一方）会负责发起红冲申请，以更正之前的开票记录，确保财务记录的准确性。

3. 红冲申请的实质与目的：

   • 红冲，即红字发票的开具，是对之前开具的蓝字发票进行冲减的一种操作。其目的在于更正之前的开票错误或反映实际的交易情况（如退款）。因此，从逻辑上讲，由需要退款的一方（即乙方，如果乙方是收款方且需退款）来发起红冲申请更为合理，因为这直接关联到其退款义务和财务记录的准确性。

4. 实际操作中的建议：

   • 在实际操作中，建议双方先进行友好协商，明确退款金额、退款方式以及发票处理等具体事宜。如果乙方需要退款，且双方同意通过红冲发票的方式来处理，那么乙方应作为退款方主动发起红冲申请。同时，甲方应配合提供必要的协助，如提供原发票信息、确认退款金额等。

5. 法律后果与风险防范：

   • 如果双方未能就退款及发票处理达成一致，或者一方未按照约定履行义务，可能会引发法律纠纷。因此，建议双方在合同中明确约定相关条款，并在实际操作中严格遵守。如果发生纠纷，可以寻求法律途径解决，如通过诉讼或仲裁等方式来维护自身权益。

总结来说，在甲方需要乙方退部分款的情况下，若涉及发票红冲，一般由退款方（乙方）来发起红冲申请。但具体操作还需根据双方合同约定、交易习惯以及实际情况来确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。