行政部门对非法转包中挂靠费的常见处理方式主要包括没收违法所得、罚款、责令改正，情节严重的可能吊销资质证书或降低资质等级。以下是详细分析：

一、没收违法所得

根据《中华人民共和国建筑法》第六十七条第一款规定：“承包单位将承包的工程转包的，或者违反本法规定进行分包的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。”因此，对于非法转包中收取的挂靠费，行政部门有权依法予以没收。

二、罚款

除了没收违法所得外，行政部门还可以对非法转包的承包单位处以罚款。罚款的数额根据违法情节的严重程度而定，具体标准可能因地区和具体法规而有所不同。但一般来说，罚款的数额会相对较高，以起到惩戒和警示的作用。

三、责令改正与停业整顿

行政部门在查处非法转包行为时，会责令承包单位立即停止违法行为，并限期改正。如果承包单位拒不改正或者改正不力的，行政部门可以进一步采取停业整顿的措施，限制其经营活动，直至其符合法律法规的要求。

四、降低资质等级或吊销资质证书

对于情节严重的非法转包行为，行政部门有权降低承包单位的资质等级或者吊销其资质证书。资质等级是承包单位从事建筑活动的重要凭证，降低资质等级或吊销资质证书将对其经营活动产生重大影响，甚至可能导致其无法继续从事建筑活动。

五、其他措施

除了上述措施外，行政部门还可以根据具体情况采取其他措施，如将非法转包行为记入信用档案、限制其参与政府采购活动等。这些措施旨在进一步惩戒违法行为，维护建筑市场的秩序和公平竞争。

在实际操作中，行政部门会根据违法情节的严重程度、承包单位的整改情况等因素综合考虑，选择适当的处理措施。如果您或您的企业涉及非法转包问题，建议立即停止违法行为，并积极配合行政部门的调查和处理工作，以减轻可能的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。