结论：别人拿了营业执照复印件并加盖了合同章，确实存在多重风险，企业应当高度重视并采取有效措施加以防范。
一、主要法律风险
合同签署风险：
- 不法分子可能利用加盖了合同章的营业执照复印件，以公司名义与第三方签订合同。一旦合同履行出现问题，公司可能被追究违约责任。尽管公司可能声称未授权，但举证和法律认定过程可能复杂且耗时，给公司带来不必要的法律纠纷和经济损失。
债务与担保风险：
- 他人可能凭借此复印件以公司名义借款或提供担保。若债务无法偿还，公司可能需要承担还款或担保责任，从而遭受经济损失。这种风险尤其严重，因为公司可能在不知情的情况下被卷入债务纠纷。
违规经营风险：
- 若复印件被用于超出公司经营范围的业务活动或违反行政管理规定的行为，公司可能面临工商、税务等部门的调查和处罚。这不仅会影响公司的正常经营，还可能损害公司的声誉和信用。
虚假注册风险：
- 该复印件可能被用于虚假注册新公司或变更其他公司登记信息，导致原公司因信息关联而受到行政调查。这种风险虽然相对较少，但一旦发生，将给公司带来极大的麻烦和损失。
刑事法律风险：
- 不法分子可能利用此复印件实施诈骗行为，如收取预付款后消失，使公司陷入刑事调查。此外，他人还可能借助公司名义开设账户进行洗钱等违法活动，一旦被发现，公司及其相关负责人可能面临刑事指控。
信息泄露与滥用风险：
- 营业执照上的企业基本信息若与公章一同被复制，可能被不法分子用于诈骗、身份冒用或其他非法活动。这些活动不仅可能损害公司的利益，还可能对公司的客户和合作伙伴造成损失。
二、应对和防范措施
严格管理营业执照和公章：
- 确保营业执照原件和复印件的安全存放，避免随意泄露或外借。同时，建立严格的公章使用规定，明确公章的使用权限和审批流程，确保每次使用都经过合法授权。
限制盖章范围并明确标注用途：
- 仅在必要时在营业执照复印件上盖章，并清晰注明使用用途和有效期限。例如，可以注明“仅供办理某某事项使用，有效期至XX年XX月XX日”。这样既能满足对方需求，又能限制其使用范围。
加强信息保护意识：
- 提高员工对信息安全的认识，定期进行信息安全培训。防止因疏忽大意而导致的信息泄露事件。同时，加强对营业执照复印件的管理，确保其在传递和使用过程中的安全性。
建立登记与追踪制度：
- 对于提供的每一份营业执照复印件，都应建立详细的登记制度，包括提供时间、对象、用途等信息。并定期进行追踪和管理，以确保复印件未被滥用。
签订保密协议：
- 如涉及重要合作事项或对方需长期保存营业执照复印件，应签订保密协议。明确对方对企业信息的保密义务和违约责任，以保护企业信息安全。
及时采取措施防止事态扩大：
- 一旦发现营业执照复印件或公章被滥用或泄露，应立即启动应急响应机制。及时采取措施防止事态扩大，并向相关部门报告以寻求帮助和支持。
三、特殊情况下的处理建议
- 如果发现营业执照复印件已被不法分子利用进行非法活动，公司应立即向公安机关报案，并配合调查工作。同时，及时通知相关合作伙伴和客户，说明情况并采取措施防止损失扩大。
- 如果公司因营业执照复印件被滥用而遭受经济损失或法律纠纷，应及时咨询专业律师，了解自身权益和维权途径。通过法律手段维护公司利益，减少损失。
总之，营业执照复印件加盖合同章确实存在多重风险。企业应谨慎对待并采取相应的防范措施以确保自身安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。